C6 è un progetto originario del sito Atlantide.it, allora chiamato C6 Multichat. È nato nel 1998, quando aveva una grafica pressoché "rudimentale" e non si serviva della Chiave Unica, ma solo di un nick che era scelto dalla persona durante la registrazione e di una password. Il funzionamento è rimasto pressoché invariato, poiché C6 utilizza gli script di Internet Explorer per funzionare, ad esclusione delle modifiche e delle funzioni aggiunte nel 2005 in seguito al rinnovamento di C6 Messenger. Atlantide.it (di proprieta' di Tin.it) è stato inglobato in Telecom Italia (Virgiliot) che l'ha trasformato nell'attuale C6 Messenger.
Dalla versione 6.2 è possibile inserire in buddylist utenti del sistema gmail/gtalk (google mail) e chattare con loro in tempo reale. Qualunque sistema di instant messagging publico basato sul protocollo xmpp (jabber) può interoperare con i server di C6 (Tiscali communicator, Gizmo project, jabber.linux.it e molti altri già interoperano).
La versione 7.0 di C6 Messenger (luglio 2007) introduce un nuovo modulo di comunicazione audio/video che soppianta il vecchio NetMeeting con prestazione decisamente migliori e basato su codec (Speex e Theora) e protocolli (XMPP/JEP) open.