Per partecipare ad una Gara Pokémon, Ash, Brock e Lucinda giungono alla città di Álamos, dove incontrano una ragazza del luogo di nome Alice. Alice si propone di fare da guida ai ragazzi: mostra loro il paesaggio, gli edifici, tra i quali le Torri Spazio-Tempo, i rigogliosi giardini della città, ricchi d'acqua, ma mentre sono del tutto assorti dalle meraviglie della città, scoprono che qualcuno ha deturpato i giardini. Il Barone Alberto, un uomo importante della città, è convinto che sia stato il Pokémon leggendario Darkrai a ridurre in quello stato gli splendidi giardini di Álamos. All'improvviso, però, Darkrai emerge dalle tenebre.
Nel frattempo, tra Dialga e Palkia, i creatori e guardiani rispettivamente del tempo e dello spazio, sta infuriando una feroce lotta in un'altra dimensione. La forza dei due titani è talmente elevata che riescono ad infrangere la barriera spazio-temporale e, attraverso un varco, riescono a raggiungere Álamos dall'altra dimensione.
