Allora,
non ho capito bene se parli di pop-up relativi alla pubblicità o ad infinite schede di internet che si aprono tutte in una volta
se è la prima opzione forse è un'Adware, tra le impostazioni vedi se è attivo il blocco dei pop-up e scaricati spybot per sicurezza
se è la seconda opzione è in bug di IE, è capitato anche a qualche mio amico, per risolverlo aggiorna la versione di IE ( magari meti IE8 Beta )
PS: Rinomino in qualcosa di più adeguato