PHP e EXE sono due cose diverse ._.
Non per smerdarti ma sono due cose compatibili, tu hai l'idea del php come linguaggio che va solo sul web.
Ma con php utilizzi anche i file, tu stesso hai fatto sources che interagiscono con altri file, se vai su
vedi che c'è un convertitore scritto in c che ti trasforma il php in exe, lavorando su localhost. non utilizzerà le funzioni da browser ma per connessioni ftp e lavorazione con i file è utile.
Se utilizzi system( comando, esecuzione) vedi che riesci a interagire con il sistema e quindi anche a runnare file, ma non da browser.
Php non va solo su windows ma anche su linux, difatti lo utilizzi anche in locale con le cgi installabili da shell.
carlino dati get? ma tu hai letto guide a metà e sbatti qui alcune cose per sentirti pr0? lo shutdown di un server è praticamente impossibile, a meno che non è montato di finaco al tuo pc o puoi accedervi manualmente, oppure devi diventare r00t e riuscire a interagirci non da browser ma con una backdoor.
Praticamente fai prima ad andare a pestare il suo possessore finchè non lo spegne xD
Ritornando in topic, in php risulta praticamente difficile dovresti usare argv e vedere se riesci a interagire col comando system.
Ti consiglio di farlo in c o c++. Se vuoi non complicarti la vita fallo in autoit