Guarda di programmazione di server non me ne intendo molto ma di quello che so cambiare i diritti non renderebbe il server tuo ma se vai in guide e info credo che troverai qualcosa al riguardo
Per modificare un Server, prima di tutto devi avere le Source, secondariamente, devi saper Codare, quindi sapere dove "andare a mettere le mani" su quello che vuoi cambiare, o modificare, o cancellare, o altro ancora...
Altra cosa, se sapessi codare, e hai le Source, puoi scaricare il programma sopra citato, e iniziare fare ciò che devi fare.