Prima serie
Inizio
Il 10 agosto del 2010, il Sacro Impero di Britannia invade il Giappone, distruggendo il suo esercito e conquistando ogni territorio in meno di un mese grazie a potenti armi robot, i Knightmare Frames. Il Giappone perde la sua indipendenza, la sua dignità e il suo nome: viene rinominato Area 11 mentre la popolazione giapponese viene da allora chiamata elevens e costretta a vivere in dei ghetti, mentre i cittadini di Britannia risiedono nei quartieri di prima classe. I ribelli continuano a combattere aspramente in piccole fazioni contro l'Impero per l'indipendenza del Giappone.
Sette anni dopo
Lo scontro con Clovis
Trascorsi sette anni, Lelouch si trova nell'Area 11 e durante uno scontro tra soldati britanni e terroristi giapponesi (così vengono definiti i partigiani giapponesi dalle autorità imperiali) incontra una misteriosa ragazza, chiamata C.C., che gli dona il potere del Geass, il potere di far eseguire senza obiezioni qualsiasi tipo di ordine. Con esso, egli ha finalmente i mezzi necessari per sconfiggere la Britannia e soddisfare i suoi due desideri: vendicare la madre e costruire un mondo dove la sua amata sorella possa vivere felice. Lelouch inizia il suo piano di distruzione prendendo in mano le sorti di un gruppo di terroristi che egli riesce a salvare da una sicura distruzione: ucciso il principe e fratello Clovis (governatore dell'Area 11) egli si crea una controparte mascherata, "Zero" (nome fittizio per nascondere la sua identità di principe di Britannia) e si pone a capo dell'ordine dei cavalieri neri, un gruppo armato nato dal precedente gruppo terroristico.
Lo scontro con Mao
Attraverso vari scontri contro l'esercito britanno, Lelouch si troverà più volte a fronteggiare Suzaku Kururugi, suo amico d'infanzia diventato britanno onorario e pilota del primo Knightmare frames di ottava generazione: il Lancelot. Seguono diverse puntate in cui l'ordine si scontrerà più volte con le truppe del governatore generale Cornelia, principessa imperiale e ottima combattente, e una breve parentesi di alcune puntate in cui compare Mao, un uomo dotato di Geass il cui potere è la lettura del pensiero e del passato. Egli spingerà Shirley, compagna di classe ed innamorata di Lelouch, che però è a conoscenza della vera identità di Zero e del fatto che sia stato lui ad uccidere suo padre nel corso di una battaglia, a provare ad uccidere il suo amato. In uno scontro in un luna park finira con l'essere fucilato da numerosi poliziotti tutti ipnotizzati da Zero. Ferito Mao è ancora deciso a vendicarsi arrivando a rapire Nunnally cercare di distruggere Zero. Per affrontarlo Lelouch arriva ad utilizzare il geass contro se stesso convincendosi di non sapere nulla sulla sorte della sorella e mentre lui distrae Mao sarà Suzaku a salvarla. Mao sarà infine ucciso dalla stessa C.C., ma Lelouch si trova costretto a cancellare i ricordi di Shirley per non farla soffrire ulteriormente.
L'intervento di Euphemia
Tolto di mezzo il Fronte di Liberazione Giapponese (ostacolo ai suoi piani) e radunati i superstiti nell'ordine dei cavalieri neri, Lelouch si trova a dover fronteggiare un elemento imprevisto: la principessa Euphemia dichiara la creazione di una zona ad amministrazione speciale (la Regione speciale Giappone), nella quale i giapponesi avrebbero ricevuto gli stessi diritti di un cittadino britanno. Zero, deciso a non abbandonare il suo desiderio di vendetta, non desidera la fine delle ostilità e pianifica di ordinare a Euphemia di sparagli di fronte ad una folla di spettatori per far fallire il progetto della principessa. Ma alla fine, persuaso dalle buone intenzioni di Euphemia, decide di cessare le ostilità, quando all'improvviso, mentre stava parlando con lei, il suo Geass diventa permanente ed egli le dà involontariamente l'ordine "uccidi tutti i giapponesi". Scoppia un massacro nel quale le truppe britanne massacrano i civili giapponesi, e Lelouch decide di sfruttare l'opportunità: uccisa Euphemia, e avendo convinto i sopravvissuti a lottare, egli raduna forze a sufficienza per attaccare Tokyo. Ha così inizio la "Black Rebellion".
Cornelia e Suzaku
Lelouch riesce a sconfiggere Cornelia ma quando sta per catturarla C.C. lo avverte che sua sorella Nunnally è stata rapita (è V.V. a prenderla con sé) e portata via sull'isola di Kaminejima, e per questo Zero abbandona il campo di battaglia, inseguito dal sopraggiunto Knightmare Giga Fortress (detto anche Sigfried) pilotato da Lord Jeremiah Gottwald, un soldato britanno caduto in disgrazia perché sfruttato da Zero e ora ridotto ad un ibrido umano-macchina a causa degli esperimenti condotti dalla Britannia. C.C. lo fermerà gettandosi nell'oceano assieme a lui, mentre Lelouch si addentra nell'isola deciso a salvare la sorella, dove improvvisamente Suzaku fa la sua entrata in scena: a questo punto assistiamo a uno scontro finale tra Zero e Suzaku, che ha giurato vendetta per la sua amata Euphemia. Il finale però è omesso (viene mostrato nella seconda serie).
Seconda serie
Inizio
La seconda serie ha inizio un anno dopo la Black Rebellion, finita con la sconfitta dei ribelli giapponesi; la scena si sposta sull'Ashford, e nell'istituto vediamo Lelouch immerso in una ordinaria vita da studente, ma immediatamente si notano diverse incongruenze: Nunnally, sorella del protagonista, sembra scomparsa dalle menti di tutti e al suo posto troviamo un fratello minore, Rolo; Villetta Nu, pilota di Knightmare al servizio dell'esercito britanno (che nel passato, avendo perso la memoria aveva amato Ougi Kaname, vice-comandante di Zero, ma che poi avendo riacquistato i ricordi non aveva esitato a sparargli ferendolo gravemente durante la Black Rebellion), è adesso una insegnante di educazione fisica; Shirley, benché le fosse stata rimossa la memoria da Lelouch riguardo tutti i ricordi sulla loro relazione, è tornata ad amarlo; Lelouch sembra non ricordare più nulla di tutto ciò che era accaduto nella prima serie, inclusa la sua doppia identità come Zero e il suo passato come principe britanno.
Lelouch si reca alla Babel Tower per disputare una partita a scacchi, ma improvvisamente quella che sembra essere l'ultima cellula terroristica dei Cavalieri Neri attacca l'edificio, decisa a recuperare Lelouch e farlo tornare alla guida dei ribelli. L'edificio viene immediatamente circondato dall'esercito britanno, ma C.C. riesce a far recuperare la memoria a Lelouch prima che egli venga ucciso; recuperati i ricordi e l'uso del Geass, Zero stermina i soldati giunti per ucciderlo.
Ricordi
Scopriamo in tal modo che Lelouch era stato sconfitto e catturato da Suzaku il quale lo aveva condotto innanzi all'imperatore di Britannia, ottenendo in tal modo il titolo di "Knight of the Rounds", uno dei più potenti piloti di Knightmare ai diretti ordini dell'imperatore stesso; i ricordi del protagonista erano stati rimossi dal Geass dell'imperatore di Britannia, e quest'ultimo lo aveva lasciato in vita per utilizzarlo come esca per i membri dell'ordine dei Cavalieri Neri sfuggiti alla cattura.
La verità su Rolo
Improvvisamente compare un nuovo Knightmare nemico, basato sul modello del Lancelot, che fa strage dei seguaci di Zero; a fermarlo sarà Urabe, uno degli Shisei-ken (traducibile in "spada sacra", egli era uno dei quattro sottoposti del colonnello Toudoh), che si sacrificherà per salvare Lelouch; a questo punto la torre viene fatta esplodere dai ribelli, facendo sì che i Knightmare nemici arrivati dall'alto si schiantassero al suolo, e contemporaneamente che i resti dell'edificio crollassero uccidendo il governatore generale Calares. Sfruttando le macerie come una sorta di ponte, i Cavalieri Neri trovano rifugio nell'ambasciata Cinese, e da qui Zero annuncia nuovamente al mondo intero il suo desiderio di combattere l'impero di Britannia. Scopriamo quindi la vera identità di Rolo, cioè quella di un agente inviato per sorvegliare Lelouch ed ucciderlo nel caso avesse riacquistato la memoria, che opera assieme a un gruppo di sorveglianza nascosto nell'Ashford del quale fa parte la stessa Villetta Nu. Oltre a ciò, scopriamo anche che egli era il pilota del Knightmare apparso nella Babel Tower, e che è anche lui in grado di utilizzare un Geass. Dissimulando abilmente l'accaduto e sfruttando il suo Geass, Lelouch riesce a rendere Rolo suo alleato, e contemporaneamente riesce a restituire la libertà ai Cavalieri Neri imprigionati.
L'intervento di Nunnally
A questo punto la situazione però si complica: Suzaku, deciso a sorvegliare Lelouch, torna ad essere uno studente dell'Ashford, e porta con sé altri due Knights of the Rounds, Gino Weinberg e Anya Alstreim, e contemporaneamente scopriamo che Nunnally è stata designata come nuova Governatrice generale dell'Area 11. Lelouch, colpito dai dubbi, decide di rapire la sorella portandola via dalle mani dei britanni, ma il piano fallisce a causa dell'intervento delle forze aeree britanne supportate dai 3 Knights of the Rounds. L'incertezza su cosa fare aumenta quando Nunnally afferma di voler dare nuovamente vita alla Zona ad amministrazione speciale, invitando i giapponesi e lo stesso Zero a partecipare, ma dopo un iniziale momento di smarrimento, Zero torna in azione: sconfitte le forze marine britanne, Lelouch accetta di partecipare all'evento, cogliendo l'occasione per mettere in atto un piano per rendere liberi i Cavalieri neri: fingendo di voler abbandonare i giapponesi, Zero riesce ad ottenere di essere esiliato dalla Zona 11, ma a questo punto tutti i suoi seguaci si travestono con costumi identici al suo, e sfruttando il carattere di Suzaku, riesce a ottenere l'esilio di tutti i suoi uomini.
La federazione cinese
A questo punto l'Ordine dei cavalieri neri si trasferisce in Cina, ma scopriamo che i più potenti signori della federazione, i Generali Eunuchi, hanno deciso di ottenere maggiore potere tramite un matrimonio di convenienza tra l'imperatrice cinese e uno dei principi britanni, vendendo così di fatto l'intera federazione all'impero britanno. Poiché per Zero la situazione si presenta rischiosa, egli agisce immediatamente sfruttando il colpo di stato di Xingke (membro di rilievo della federazione cinese, contrario alle ambizioni dei Generali, che decide di fermare le nozze), rapendo l'imperatrice cinese.
Dopo una iniziale sconfitta causata dall'abile tattica sfruttata da Xingke (operazione durante la quale Karen e il Guren vengono catturati), Zero riesce a sconfiggere le forze cinesi, ottenendo un'alleanza con il suo rivale cinese, la ritirata momentanea delle forze britanne e l'eliminazione dei Generali Eunuchi, ma nonostante ciò Karen non viene salvata, in quanto portata via da Suzaku.
La morte di Shirley
Scopriamo inoltre l'esistenza di una misteriosa organizzazione, il "Culto", un gruppo che è in qualche modo legato ai poteri del Geass e che è attualmente sotto il controllo di V.V.; in questa occasione scopriamo anche che Cornelia è viva, ed ha deciso di dimostrare al mondo l'esistenza del Geass per dimostrare l'innocenza di Euphie riguardo al massacro della prima zona ad amministrazione speciale del Giappone, ma ella viene quasi immediatamente catturata da V.V.
Tornato in Giappone, assistiamo ad uno sviluppo improvviso: il ritorno di Lord Jeremiah Gottwald. Sopravvissuto alla caduta nell'oceano e reso ancora più potente dall'aggiunta del Geass Canceller, Jeremiah fa sì che Shirley recuperi i ricordi cancellati da Lelouch, e successivamente egli si dirige all'inseguimento di Zero nella sua veste di "Assassino del Culto". Anche Shirley si dirige sul luogo per cercare di aiutare Zero, ma qui incontra Rolo, e i due tengono un discorso dal quale Rolo capisce che la ragazza ha recuperato i suoi veri ricordi, ed egli attiva il suo Geass. Subito dopo la scena si sposta su Jeremiah e Lelouch, che riesce a fermarlo utilizzando il Gefjun Disturber (le parti meccaniche di Lord Gottwald agivano grazie al Sakuradite), ma nonostante ciò non riesce a bloccarlo completamente, e Jeremiah ha la forza di domandargli perché fosse diventato Zero. Lelouch gli rivela il suo profondo odio verso l'imperatore a causa della morte della madre Marianne, e a questo punto Jeremiah, trovando giusta la motivazione di Zero, decide di schierarsi dalla sua parte. Mentre Lelouch sta uscendo dall'edificio, però, egli nota un corpo disteso a terra. È Shirley, ferita a morte e ormai prossima alla fine: ella muore tra le braccia di Lelouch.
Scopriamo quindi che era stato proprio Rolo a ucciderla per evitare che potesse rivelare il segreto sull'identità di Zero, e Lelouch gli dice che ha fatto bene; ma in realtà egli è furioso, e trama di distruggere per sempre Rolo dopo averlo sfruttato ancora una volta.
Lo scontro con V.V.
A questo punto Zero, che era dapprima deciso a portare sotto il suo controllo il Culto, adesso sceglie di distruggerlo completamente, nonostante i suoi membri siano semplicemente scienziati e non militari, nella convinzione che il Geass non faccia altro che portare sofferenza agli uomini. Sfruttando le informazioni fornite da Rolo e da Jeremiah, l'ordine dei cavalieri attacca la base segreta del Culto, massacrando tutti coloro che erano sul luogo (incluso il generale Patre, colui che si era occupato di trasformare Lord Jeremiah nell'ibrido umano-macchina); a questo punto entra in scena V.V. pilotando il Sigfried, e Zero decide di far sì che la bomba piazzata sul Knightmare di Rolo esploda distruggendo anche il suo avversario, ma all'ultimo istante interviene Cornelia, fino a poco prima prigioniera in quel luogo, che attacca il Giga Fortress, facendo perdere a Rolo la presa sul nemico. Frattanto, Suzaku, turbato dalla morte di Shirley, decide di utilizzare una droga per costringere Karen a rivelargli la vera identità di Zero, convinto che sia lui l'assassino della ragazza. Distrutto il Sigfried, Zero si appresta a dare il colpo di grazia a V.V., ma improvvisamente egli viene risucchiato da un portale e si ritrova in uno strano luogo, una sorta di tempio (chiamato la spada di Akasha), dove è suo padre l'imperatore ad accoglierlo. <<Figlio mio... Il tempo è giunto! Il tempo dell'espiazione!>>. Qui Lelouch ordina al padre di uccidersi, ma nonostante egli si spari, non muore: l'imperatore ha deciso di rinunciare al suo Geass per appropriarsi del Code di V.V., la sua immortalità, immunità al Geass e capacità di concederlo ad altri (portando alla morte quest'ultimo, in quanto era rimasto gravemente ferito dal combattimento contro Zero). Scopriamo quindi che il desiderio di C.C., per il quale aveva stretto un patto con Lelouch, era quello di morire: la ragazza non sopportava più quella eterna vita nella quale era destinata a rimanere sempre sola (le persone che la amavano potevano morire e lei no). Nel mentre, Suzaku rinuncia ad utilizzare la droga su Kallen per farla parlare, disgustato dall'idea di dover diventare simile a Zero utilizzando quel metodo. Direttosi nei sotterranei della scuola, comprende che alla squadra posta a controllare Lelouch è stato imposto un Geass e in tal modo realizza il fatto che Lelouch è Zero.
Il passato di C.C.
Scopriamo qualcosa di più sul passato di C.C.: da piccola, in un tempo remoto (medioevo, probabilmente), le era stato donato un geass da una suora che faceva sì che coloro che la guardavano negli occhi cominciassero ad amarla incondizionatamente; quando tale potere divenne attivo, la suora le cedette il suo Code condannandola ad una vita eterna. Poiché non vuole lasciare un tale fardello sulle spalle di Lelouch, la ragazza decide di farsi uccidere dall'imperatore, ma all'ultimo momento, colpita dalle parole del ragazzo (<<Perché non hai provato a morire sfruttandomi come tuo rimpiazzo? Pensavi che non fossi capace di portale un tale fardello? Io so qual è il tuo vero desiderio, C.C.! Io sarò capace di farti sorridere!>>) decide di non farla finita, e torna al di là del portale con Lelouch, ma nel fare questo ella subisce la perdita della sua memoria. Inoltre veniamo a conoscenza del fatto che nello stesso momento un esperimento Britanno giunge a produrre i risultati attesi, risultati che sembra porteranno alla creazione di nuove armi di distruzione di massa: gli scienziati creano il F.L.E.I.J.A., un'arma in grado di creare una devastante implosione, arma che viene equipaggiata al Lancelot (anche se si pensava di equipaggiarla al Guren, catturato e potenziato). Cornelia viene presa prigioniera dall'Ordine dei Cavalieri Neri, e poiché l'imperatore sembra essere rimasto intrappolato nel tempio, Lelouch decide di accelerare i suoi piani, arrivando alla creazione di una federazione di stati comprendenti i territori dell'ex federazione cinese, stati distaccatisi dall'UE e diversi territori precedentemente sotto il dominio Britanno. Ma ecco che l'imperatore appare, lanciando la sua sfida: ora che il mondo è diviso in due, Zero combatterà per conquistare tutto... o perdere tutto.
Battaglia decisiva
Lelouch è deciso a salvare la sorellina, possibile ostaggio dell'imperatore, ma lo scontro si preannuncia titanico: sopraggiungono contro l'ordine dei cavalieri neri una moltitudine di Knightmare assieme ad altri due Knight of the Rounds, il Knight of Ten Lord Luciano Bradley e il Knight of One Lord Bismark Waldstein. Zero, deciso a salvare la sorellina a tutti i costi, decide di contattare Suzaku che accetta di proteggerla, ma in cambio, essendo ormai a conoscenza della sua identità, il giapponese gli chiede un incontro in segreto. L'ordine dei cavalieri neri si prepara a combattere per conquistare il Giappone, in quanto in caso di vittoria le nazioni sotto il dominio britanno insorgeranno contro l'impero. Mentre sul fronte vediamo impegnate in battaglia le forze ribelli guidate da Xingke e quelle britanne supportate dal Knight of One Lord Bismarck Waldstein e dal Knight of Ten Lord Luciano Bradley, Lelouch si incontra con Suzaku. Il giapponese gli rinfaccia i suoi peccati, e il principe ribelle se li addossa dal primo all'ultimo (anche la colpa per eventi accaduti non per sua volontà), ma afferma di non poter cambiare le cose a questo punto. Per arrivare finalmente a un mondo migliore, Suzaku decide di aiutarlo un'ultima volta, quando all'improvviso dei soldati britanni fanno la loro apparizione, arrestando Lelouch. Zero, convinto di essere stato tradito ancora una volta da quello che considerava un amico, sfrutta un Geass precedentemente imposto su un soldato britanno (Lord Guilford, cavaliere della principessa Cornelia) per fuggire e dirigersi verso Tokyo. A questo punto Zero dà inizio all'attacco della città: un battaglione dell'ordine dei cavalieri fino a quel momento rimasto nascosto si dirige verso la capitale (Lord Bradley lascia affrontare Xingke a Lord Bismark e si dirige sul luogo), e mentre Lelouch attiva un congegno disturbatore celato sulla linea ferroviaria (che disattiva gran parte dei Knightmare britanni) un gruppo d'infiltrazione guidato da Rolo si dirige al palazzo del governatore per recuperare Nunnally. La battaglia ha inizio, e Suzaku scende in campo con il Lancelot equipaggiato con il F.L.E.I.J.A., benché deciso a non usare per nessuna ragione tale arma. Lelouch, non considerando più Suzaku un amico, dà ordine ai suoi uomini di distruggerlo. A fronteggiare il giapponese scendono in campo Jeremiah sul suo nuovo Knightmare, il Sutherland Sieg, e il "geassato" Lord Guilford su un Vincent. A questo punto però scendono in campo anche il Knight of Three Lord Gino Weinberg e il Knight of Six Lord Anya Alstreim, decisi a fermare Zero. Frattanto, il gruppo d'incursione guidato da Rolo giunge a liberare Karen, che scende in campo sul suo precedente Knightmare, il Guren Kashoushiki, che potenziato dagli scienziati britanni è diventato un mezzo di gran lunga più potente di qualsiasi altro Knightmare, il Guren Seiten Hakkyokushiki. Con esso Karen distrugge facilmente in battaglia il Knightmare di Lord Bradley, uccidendolo; la sua potenza è inoltre tale da ridurre in rottami il Lancelot. Ma quando Suzaku sta per essere definitivamente sconfitto, il geass di Lelouch "sopravvivi" ha il sopravvento: il giapponese fa fuoco con il F.L.E.I.J.A., e il proiettile, che manca il Seiten, va a colpire il palazzo del governatore, nel quale erano presenti tra i molti Nunnally e una delle quattro spade sacre, Asahina, disintegrandolo completamente assieme a una vasta area della città. Il numero delle vittime è di 35 milioni (10 milioni di britanni e 25 di Eleven), e l'enorme cratere rimasto sul terreno porta il terrore in entrambe le parti dello schieramento, che cessano momentaneamente il combattimento. Zero, ormai reso quasi folle dal dolore, e ancora incapace di credere all'accaduto, ordina ai suoi uomini di mettersi alla ricerca di Nunnally, ma a questo punto intervengono Rolo e Jeremiah, portandolo via di peso dal campo di battaglia in quanto non in grado di riflettere lucidamente.
La verità su Zero
Frattanto Cornelia, tenuta prigioniera sulla nave ammiraglia di Zero, riesce a fuggire, ma viene presto raggiunta dai membri dell'ordine. Ma ecco che quando stanno per catturarla, un mezzo aereo britanno atterra sul ponte, e da esso scende Schneizel in persona, giunto in veste di ambasciatore. Zero, ancora profondamente turbato da quanto successo, si ritira nelle sue stanze, e vedendo un ciondolo che aveva regalato a Nunnally nelle mani di Rolo, Lelouch gli urla addosso tutto il suo odio affermando di aver finto di essere gentile con lui e di averlo cercato di uccidere più volte, sconvolgendo il finto fratellino. Essendo Zero non reperibile, sono i membri più importanti dell'Ordine, tra cui Toudoh e Diethard, a trattare con il primo ministro britanno, il quale sconvolge tutti rivelando loro l'identità di Zero, e fornendo prove che dimostrano come lui abbia sfruttato i giapponesi per i suoi scopi (ad esempio la registrazione di una conversazione tra Lelouch e Suzaku in cui il britanno afferma di aver costretto Euphemia a massacrare i giapponesi), prove confermate da Cornelia, Ougi e Villetta. I Cavalieri Neri si rendono conto che loro per Zero non erano altro che pedine, e decidono di consegnarlo a Schneizel. Ougi tuttavia dice che accetterà tale scambio solo se l’Impero cederà il controllo sul Giappone. Karen, all'oscuro della cosa, viene mandata a chiamare Zero, e insieme si dirigono in uno degli Hangar della nave, dove i Cavalieri Neri lo prendono in trappola. Kallen è pronta a morire difendendo Lelouch, ma egli capisce che non ha via d'uscita e perciò dice che per lui la ragazza, come tutti i Cavalieri Neri, non era altro che una pedina e ammette davanti a tutti che tutte le accuse sono fondate. Kallen, sentendosi ingannata, si allontana da lui, e mentre i Cavalieri Neri stanno per giustiziarlo Lelouch le sussurra che lei deve continuare a vivere.
La morte di Rolo
I Cavalieri sparano ma all'improvviso sopraggiunge lo Shinkirou proteggendolo: è Rolo il pilota, che prende con sé Lelouch e lo porta in salvo usando il suo Geass. Lelouch gli dice di fermarsi perché ormai non ha più motivo di vivere, essendo Nullaly morta, e inoltre gli dice che se continuerà ad usare il Geass in quel modo il suo cuore non reggerà lo sforzo, ma Rolo non si ferma e continua ad usare il suo potere per riuscire a scappare. Rolo dice che fa questo perché i ricordi creati durante il periodo in cui era stato al fianco di Lelouch hanno fatto si che lui diventasse umano e non più uno strumento per uccidere in mano ad altre persone: sta facendo tutto questo di sua spontanea volontà, spinto dal suo desiderio di salvare l'unica persona che è stata affettuosa con lui.
Atterrati nella foresta, finalmente in salvo, Lelouch chiede a Rolo, che ormai sta morendo per aver usato più volte il Geass, perché abbia fatto tutto questo. Rolo gli dice che sa che Lelouch stava mentendo quando ha detto che aveva provato ad ucciderlo e che lo odiava, e Lelouch impietosito gli dice che ha ragione, che stava mentendo. Rolo muore quindi felice, convinto che il fratello lo amasse veramente.
Lelouch ha perso tutto, ma proprio grazie a questo si rende conto che ha ancora una cosa che deve fare: distruggere suo padre l’Imperatore <<Farò in modo che tu mi accompagni sulla strada dell'inferno!>>. Suzaku intanto è ancora sul fondo dell'enorme cratere, ancora intento a pensare a ciò che ha fatto, quando si avvicina Nina, la scienziata che aveva creato il F.L.E.I.J.A., anch'ella profondamente sconvolta dall'accaduto, ma Suzaku non fa nulla per confortarla, anzi le fa i suoi complimenti per aver creato "l'arma che porterà la Britannia alla vittoria".
Lelouch intanto si appresta ad affrontare suo padre, il quale si sta dirigendo sull’isola di Kaminejima per attivare la Spada di Akasha; nello stesso momento, però, qualcosa sembra risvegliarsi nella mente di Anya, che scende dal suo Knightmare per andare a parlare con C.C., ma nel momento in cui la tocca nella mente di C.C. non appare Anya... bensì Marianne, la madre di Lelouch, che permette a C.C. di riacquistare la memoria; durante il suo colloquio con la ragazza, scopriamo inoltre che anche l'imperatrice aveva stretto un patto con lei per avere il potere del Geass.
L’Imperatore inizia la sincronizzazione di tutte le rovine sparse attorno al pianeta per dare il via alla "Connessione Ragnarok", e mentre viene diffuso l’annuncio fasullo riguardo morte di Zero, Lelouch si avvicina sempre più a suo padre, imponendo Geass a diversi soldati britanni.
Il piano di Suzaku
Frattanto Suzaku si dirige sull'Avalon, la nave del principe Schneizel, per parlare con lui, mostrandosi estremamente deciso e sicuro di sé, tanto che quando afferma di voler diventare il Knights of One (esso è il più potente cavaliere al servizio dell'impero, che ha persino il diritto di scegliere una qualsiasi delle aree conquistate come propria zona da governare, ed in quanto ciò il titolo che può essere conferito solo dall’Imperatore), Suzaku chiede a Schneizel se lui può dargli quel titolo. Schneizel si mostra per un attimo sorpreso, ma subito dopo risponde che gli concederà quel titolo, una volta diventato imperatore: viene quindi rivelata l’intenzione di Suzaku di attuare un colpo di stato per togliere di mezzo l’attuale Imperatore, facendo sì che sia Schneizel a diventare il nuovo regnante. Gino e Cornelia esprimono la loro disapprovazione per le loro parole ma Schneizel dice loro che ormai suo padre si è sottratto alle sue responsabilità da sovrano, e quindi non ha più il diritto di essere l’Imperatore, e che lui ha il dovere di succedergli al trono per il bene dell'impero. Suzaku quindi chiede a Schneizel di ordinargli di uccidere l’Imperatore, e Gino viene temporaneamente preso prigioniero perché si oppone al piano.
Arrivato a Kaminejima, Suzaku elimina le guardie dell’Imperatore e giunge al suo cospetto, pronto ad ucciderlo, accusandolo di aver mancato ai suoi doveri e di aver fatto sì che Euphemia morisse, non avendola messa al corrente dell'esistenza del Geass, quando interviene Knights of One, fermandolo e iniziando a combattere con il giapponese. Lord Waldstein è veramente forte, ed il Geass imposto su Suzaku gli "urla di scappare per sopravvivere". Tuttavia, quando il Knights of One sta per sferrare il colpo di grazia, un’improvvisa esplosione lo fa fermare: Lelouch appare tra le fiamme, iniziando a mettere in atto il suo piano. Tutte le persone che aveva "geassato" in precedenza iniziano a fare ciò che era stato loro ordinato, ovvero attaccare altri soldati britanni, creando il caos nell'esercito imperiale.
Suzaku si rende conto che tutto ciò è opera di Lelouch e decide di cercarlo, correndo via dallo scontro con Waldstein, ma un proiettile colpisce il terreno di fronte a lui ed egli cade nel cratere.
La verità su Marianne
Il Knight of One decide di riprendere il controllo della situazione, e sale sul suo Knightmare per fermare lo scontro, quando all'improvviso compare Anya a bordo del Mordred, attaccandolo e affermando di essere convinta che anche lui faccia parte delle truppe ribellatesi; lord Bismark riesce a convincerla che egli sia ancora al fianco dell'imperatore, ed Anya cessa subito di combattere con lui, ma in realtà la ragazza è ancora sotto il controllo di Marianne, e riesce ad ingannare Waldstein riguardo alle sue intenzioni, ovvero al suo desiderio di partecipare all'imminente incontro tra Lelouch e suo padre; Lelouch è infatti giunto faccia a faccia con l'imperatore, e prima che egli possa capire cosa stia per fare, Lelouch si intrappola insieme a lui nel Tempio nel Cielo facendo esplodere la porta d’ingresso, sigillando entrambi in quel luogo. <<Adesso, soffri assieme a me per l'eternità!>>.
Nel frattempo C.C. e Anya/Marianne risvegliano Suzaku, rimasto privo di sensi dopo che l'esplosione lo aveva colpito, e lo portano con loro al portale per la Spada di Akasha; dalle parole di Marianne, scopriamo che la spada fa parte del mondo di C., che è a sua volta una sorta di inconscio collettivo, un luogo dove tutte le personalità delle persone, anche quelle morte, si radunano, dando vita ad un'unica entità <<Alcuni lo definiscono Dio>> commenta l'imperatrice. Pochi istanti dopo la stessa Marianne, avendo riattivato il portale danneggiato, entra nel mondo di C., seguita poco dopo anche da C.C. e da Suzaku.
A questo punto la scena si sposta su Lelouch e sull'imperatore, il quale inizia a spiegare la sua storia, ovvero il perché di tutti questi sforzi per attivare la connessione di Ragnarok.
Egli afferma di fare ciò per far nascere un nuovo mondo, un mondo ideale, utopico, dove non esistano le guerre e le menzogne. Il suo desiderio ha origine fin da quando era bambino: essendo vissuto assieme a suo fratello V.V. in costante pericolo, circondato dalle bugie di coloro che desideravano ucciderli per ottenere il possesso del trono, i due giurano di non mentirsi mai e di liberare il mondo dalle menzogne. Ma poi V.V., convinto che l'imperatrice Marianne avrebbe portato al fallimento del loro piano, decide di ucciderla, inscenando l'attentato; nonostante questo l'imperatrice, benché ferita a morte e ormai vicina alla fine, grazie al suo geass, trasferisce la propria coscienza in Anya, che aveva assistito di nascosto alla scena. A causa di ciò, l'imperatore ha perso la fiducia che aveva verso suo fratello, avendo lui finto di essere estraneo al delitto e rompendo così la loro promessa; ciò porterà Charles ad ucciderlo durante l'attacco alla base del culto.
In questo mondo, anche le persone morte potrebbero tornare ad essere vicine alle persone amate, ma Lelouch, benché ci sia la possibilità di rivedere Nunnally, si oppone al progetto dei suoi genitori: il mondo da loro desiderato sarebbe un mondo piatto e uguale, senza cambiamenti di ogni sorta: una cosa che non si potrebbe chiamare vita. Anche Suzaku, benché tentato dall'idea di poter rivedere Euphemia, si schiera dalla parte dell'amico, trovando ingiusto obbligare tutta l'umanità a una cosa che non vuole.
Lelouch decide, quindi, di utilizzare il suo potere per desiderare che l’inconscio collettivo di questo mondo non voglia “fermare il tempo”, non voglia diventare questo mondo piatto descritto dall’imperatore. Dopo aver attivato il Geass, il suo potere si espande ad entrambi gli occhi e riesce a distruggere l’elevatore di Coscienza, la vera connessione a Ragnarok, fermando così il processo ormai avviato.
Con la distruzione di questo mezzo, sia Marianne che Charles iniziano a svanire, perché ormai profondamente legati all'inconscio collettivo, ed è infine Lelouch ad eliminarli, utilizzando nuovamente il suo geass, ordinando loro di scomparire definitivamente.
Lelouch imperatore
Lelouch nelle vesti di Imperatore di Britannia
Un mese dopo, in tutto il mondo viene diffuso l'annuncio che l'imperatore vuole fare un discorso ai suoi sudditi, ma a sedersi sul trono è Lelouch, che si proclama novantanovesimo imperatore di Britannia. Le guardie intervengono per catturarlo, ma a fermarle è Suzaku, presentato da Lelouch come suo cavaliere personale, più potente degli stessi Knights of the Rounds, tanto da avere il titolo di "knight of Zero". Immediatamente dopo, utilizzando il suo geass, Lelouch fa sì che i nobili nella sala del trono lo acclamino come legittimo successore al trono. Lelouch si è impossessato del trono Imperiale, ma la sua posizione come 99º Imperatore è contestata dai nobili britanni in quanto il giovane ha dato inizio all' attuazione di riforme clamorose quali l'annullamento dei titoli nobiliari, il riconoscimento dei diritti dei Numbers (cittadini non britanni di una delle aree conquistate, e sfruttati in quanto sottomessi, come ad esempio gli Eleven) portando alla totale distruzione-ricostruzione dell’Impero. Nel frattempo Schneizel e Cornelia sono spariti dalla circolazione, mentre i Cavalieri Neri provano a capire le intenzioni di Lelouch e la loro prossima mossa. Nel frattempo, all’Accademia Ashford, Milly e Rivalz stanno nascondendo Nina dagli occhi del pubblico poiché la creazione del F.L.E.I.J.A. ha attirato verso di lei l'odio di tutti. La scena si sposta sul giardino del palazzo imperiale, dove Lelouch e Suzaku stanno parlando di quello che ha compiuto Lelouch da quando è diventato Imperatore, e anche di ciò che avverrà in futuro. Lelouch dice al suo cavaliere che ben presto causerà innumerevoli massacri, tanto da oscurare il nome di Euphemia come Principessa Sanguinaria affinché nessuno si ricordi della strage compiuta da lei. Lelouch dice che per Euphie e per Nunnally dovranno conquistare il mondo, per attuare lo "Zero Requiem" (i particolari non vengono svelati). Ma mentre stanno ancora discutendo riguardo alle possibili future mosse di Schneizel, legate probabilmente a misteriosi movimenti all'interno dell'istituto scientifico di Toromo, il palazzo imperiale subisce un improvviso attacco da parte dei Knights of Rounds che sono rimasti fedeli a Charles e non accettano Lelouch come loro Imperatore, tra i quali figurano il Knight of One lord Waldstein Bismark e il Knight of Three lord Gino Weinberg. Suzaku esce a fronteggiarli da solo sul nuovo Lancelot Albion, che dimostra la sua enorme potenza distruggendo due Knights of the Rounds senza permettere loro nemmeno una singola azione e annientando i soldati giunti con loro; a questo punto, Gino tenta di fermare Suzaku, ma il giapponese distrugge quasi immediatamente il suo mezzo affermando <<Se tu sei un britanno, dovresti essere dalla mia parte!>>. A questo punto interviene nel combattimento lord Bismark, rivelando di possedere anche lui un geass, con il quale riesce inizialmente a mettere in difficoltà Suzaku. Ma grazie al nuovo Knightmare e sfruttando a suo favore il Geass di Lelouch, quello di sopravvivere a qualunque costo, Suzaku riesce a sconfiggere Waldestain, distruggendo lui e il suo Knightmare. L'unico nemico sopravvissuto è Gino, che mostra tutto il suo tormento riguardo al fatto di dover scegliere da che parte schierarsi. Con la sconfitta dei Knights of Rounds ribellatisi, Lelouch annuncia al mondo che ormai non ci sono più dubbi sul suo ruolo come Imperatore. Inoltre, Lelouch comunica al mondo che è sua intenzione che l’Impero di Britannia entri a far parte della Federazione delle Nazioni Unite come nuovo stato membro, e propone di svolgere la votazione del Consiglio Supremo in Giappone... nell'istituto Ashford! Ed è così che l'imperatore giunge all'istituto presentandosi accompagnato solo da C.C., Kallen gli si fa davanti per fargli da "guida" nella scuola, e Lelouch, fingendo di non conoscerla, le propone una passeggiata all'interno dell'istituto. La ragazza lo accompagna alla palestra dove si terrà il Consiglio, ringraziandolo per tutto quello che ha fatto per lei e per i Cavalieri Neri; successivamente Karen gli chiede quali siano le sue intenzioni ora e cosa prova per lei, perché l'abbia salvata allontanandola da sé quando i Cavalieri Neri stavano per ucciderla insieme a Zero. Lelouch resta in silenzio, quasi distaccato dalla realtà, e non reagisce neanche quando Kallen all’improvviso lo bacia. Vista questa reazione Kallen gli dà l’addio, e Lelouch, atteso un istante, sussurra <<Addio, Kallen>> per poi seguirla verso il Consiglio.
Il Consiglio
Il Consiglio ha inizio, e l'imperatore fa la sua richiesta di entrare a far parte della federazione; durante la votazione l'ordine dei cavalieri mette in atto delle precauzioni per fronteggiare il Geass di Lelouch, per impedire che egli possa influenzare i membri della votazione piegandoli al suo volere: Lelouch si ritrova rinchiuso tra alte mura e può comunicare con l’esterno solo tramite degli schermi. Kaguya, Xing Ke, Ougi e Toudoh fronteggiano Lelouch e svelano il suo reale intento: sfruttando a suo favore la costituzione della Federazione, Lelouch farebbe sì che la Britannia, lo stato più popoloso al mondo, avrebbe oltre la metà dei voti a suo favore, e in questo modo sarebbe lui a decidere l'esito di ogni votazione e, quindi, avrebbe il controllo del mondo intero. È per questo motivo che i quattro dei Cavalieri neri gli dicono che se vuole realmente che l’Impero entri a fare parte della Federazione dovrà dividere il paese o abbassare il suo conteggio elettorale al 20% della popolazione della sua nazione.
A questo punto, Lelouch rivolge una domanda a Kaguya: cosa sia necessario per governare il mondo. La ragazza risponde <<Onore e orgoglio>>, e l'imperatore, benché affermi che è un'ottima risposta, ribatte che la sua è diversa: <<La volontà di distruggere il mondo e anche se stessi!>>.
È a questo punto che Suzaku irrompe nella sala con il Lancelot Albion, minacciando i membri presenti, mentre ingenti forze britanne iniziano ad avvicinarsi al Giappone. Nel frattempo, Lloyd riesce a catturare Rivalz e Nina che stavano fuggendo, e la cosa viene immediatamente riferita all'imperatore. Tutti i leader del mondo sono stati presi in ostaggio in un colpo solo e Lelouch, sicuro della vittoria, intima a Kaguya di prendere una decisione <<Avanti, giochiamo a questo gioco chiamato democrazia!>>. Improvvisamente, però, giunge una notizia terribile: la capitale imperiale Pendragon è stata completamente rasa al suolo, e sul cratere del raggio di oltre 100 km fluttua una gigantesca fortezza: è il Damocles, la nuova nave di Schneizel, armata con testate F.L.E.I.J.A.
La sfida contro Schneizel
Schneizel quindi contatta Lelouch dicendogli che non lo riconoscerà mai come Imperatore; Lelouch chiede ironicamente se crede di essere lui la persona più adatta a questo ruolo, ma Schneizel risponde che ritiene che il ruolo debba andare... a Nunnally! La quale è sana e salva e lì con lui. Suzaku e Lelouch sono sconvolti dalla sua vista, e quello che è peggio è che la ragazza afferma di essere nemica di entrambi!
Nunnally infatti dice di essersi schierata con Schneizel una volta appresa la verità: ella è convinta che non sia giusto il modo in cui Lelouch ha usato il suo Geass, ed afferma di essere anche venuta a conoscenza del fatto che era lui a celarsi dietro la maschera di Zero.
Sconvolta da tutto ciò, Nunnally chiede a Lelouch se abbia fatto tutto per il suo bene, e il fratello mente spudoratamente, dicendole che ha fatto tutto solo per il suo desiderio di dominare il mondo, e fatto ciò Lelouch chiude il collegamento, in realtà sconvolto da quanto accaduto.
Schneizel si scusa con Nunnally per averle fatto provare un così grande dolore facendola parlare col fratello, dicendo che era convinto che Lelouch si sarebbe arreso una volta visto la potenza del F.L.E.I.J.A. A questo punto la ragazza gli chiede se la gente di Pendragon sia al sicuro, e Schneizel le conferma che avevano evacuato tutti prima della detonazione. Nunnally quindi chiede di poter avere in custodia il congegno di attivazione del F.L.E.I.J.A. per le prossime volte che dovranno usarlo, così sarà lei ad addossarsi il peccato della distruzione. Lelouch intanto è ancora sconvolto dal ritorno di Nunnally, ma Suzaku con modi bruschi lo fa tornare in sé, ricordandogli che ciò non cambia nulla per il loro piano, che non si possono fermare giunti a questo punto, nemmeno adesso che hanno scoperto che Nunnally è ancora viva. C.C. sembra volerlo fermare, ma il giapponese afferma che lui è la sua spada, e che sarà lui a falciare i suoi nemici così come le sue debolezze; e subito dopo, prega la ragazza di diventare lo scudo di Lelouch: <<Proteggerlo è il tuo compito>>. Nel frattempo, Nina è stata portata sull’Avalon, la nave di comando di Lelouch, e la ragazza torna a lavorare assieme a Lloyd e Cecile, con l'obiettivo di creare un'arma in grado di contrastare il F.L.E.I.J.A. Schneizel nel frattempo confida a Cornelia che in realtà gli abitanti di Pendragon non erano stati evacuati e sono morti tutti. Il britanno mostra il suo vero volto esponendo a Cornelia le sue teorie sulla pace e sulla giustizia ottenute tramite il potere e la forza. Dopo aver sconfitto Lelouch, il suo piano è quello di portare la Damocles in orbita sopra la Cina, da dove farà fuoco con le testate F.L.E.I.J.A. contro tutte le nazioni impegnate in un conflitto, costringedole cosi, tramite il terrore di un bombardamento con le F.L.E.I.J.A. a cessare le loro guerre. In questo modo otterrà una pace perpetua. <<Anche se uno o due miliardi di vite dovranno essere sacrificati, la pace eterna sarà...>>. Cornelia lo interrompe, contraria ai suoi metodi violenti e allo sterminio che ha in mente, sfoderando la spada; ma prima ancora che possa compiere una qualunque azione, Schneizel attiva un congegno nascosto e una raffica di mitragliatrice la colpisce alle spalle. Sull’Avalon, Sayoko spiega a Jeremiah come sono andate realmente le cose quando era esploso il F.L.E.I.J.A. sopra Tokyo: da lei apprendiamo che era stata una navetta di salvataggio vuota ad essere stata distrutta dal F.L.E.I.J.A., e che Schneizel aveva preso con sé la sorellina di Lelouch, pronto a farle ritornare in scena al momento più opportuno per mettere in difficoltà il nuovo imperatore. C.C. intanto parla con Lelouch e gli chiede se vuole veramente continuare col suo piano: anche se ha fatto tutto per il bene di Nunnally, ora lei è loro nemica. Ma Lelouch resta convinto di aver fatto la scelta giusta assieme a Suzaku: non può permettere a Schneizel di sottomettere l'intera umanità con la minaccia della distruzione assoluta, e per questo egli è risoluto ad andare avanti fino alla fine. Le varie fazioni si preparano per la battaglia imminente: i Cavalieri Neri decidono di schierarsi al fianco di Schneizel, mentre Nina e Lloyd continuano a lavorare per fermare il F.L.E.I.J.A., e Gino decide di unirsi ai Cavalieri Neri. Arriva il momento decisivo della battaglia. Schneizel è pronto ad adoperare immediatamente il F.L.E.I.J.A., ma Lelouch chiede a Schneizel se sia intenzionato ad usare la sua arma anche sapendo che a bordo dell’Avalon ci sono tutti i rappresentanti dei vari paesi della Federazione delle Nazioni Unite. Schneizel non mostra alcun interesse per gli ostaggi, ma Xing Ke si intromette dicendo che non può sacrificare tutte quelle vite. Schneizel quindi gli dice che se vuole che non usi il F.L.E.I.J.A. allora Xing Ke deve affidare il comando della battaglia a lui, assicurandogli di non aver mai perso contro Lelouch. Xing Ke accetta, ed entra in campo nello Shen-Hu. Lelouch e Schneizel danno il via alla battaglia, usando inizialmente gli eserciti come fossero pedine degli scacchi, schierando e ritirando le loro armate nel tentativo di sopraffare l'avversario in una singola mossa. Quando ha inizio il combattimento vero e proprio, è chiaro che Lelouch è in svantaggio: nonostante la superiorità numerica, egli deve fare affidamento unicamente su Suzaku e su Jeremiah, mentre Schneizel ha dalla sua parte diversi formidabili piloti: Karen, Toudoh, Xing Ke, Anya e Gino. I Cavalieri Neri riescono ad aprire una vasta breccia nello schieramento britanno, tanto che Lelouch si trova costretto ad usare il suo piano di riserva: l'imperatore aziona un congegno che causa l'esplosione della sorgente di Sakuradite all'interno del Monte Fuji, che riversa una pioggia di detriti infuocati sullo schieramenti nemico. Tutte le navi dell'Ordine dei Cavalieri sopra il Monte vengono spazzate via, l’Ikaruga (la nave ammiraglia dell'ordine) crolla a terra in fiamme, i Cavalieri Neri sono stati decimati, ma al tempo stesso le forze terrestri britanne vengono annientate.
Avalon e Damocles
Suzaku si prepara ad attaccare il Damocles ma Schneizel dice a Nunnally che è giunto il momento di lanciare il F.L.E.I.J.A. La ragazza dà il comando, e la testata viene sparata verso l'Avalon, ma i soldati di Lelouch condizionati dal Geass la intercettano, trafiggendola con le lance dei loro knightmare. La testata esplode comunque, poiché essa era già al punto critico quando era stata sparata. Lelouch ordina quindi ai suoi soldati di continuare ad attaccare il Damocles costringendo Schneizel a sparare tutte le testate di F.L.E.I.J.A. a loro disposizione. Sul terreno, Ougi è ancora vivo sul ponte dell’Ikaruga grazie all'intervento di Kallen e Tamaki. Scopriamo quindi che il giapponese sta per diventare padre, in quanto Villetta aspetta un bambino a seguito della loro relazione. Lelouch, utilizzato il piano del monte Fuji, si rende conto di essere in svantaggio rispetto a Schneizel che dispone ancora di molte testate F.L.E.I.J.A., ma egli ha fiducia in Nina e Lloyd. L'episodio termina con Schneizel che dice <<Lelouch, hai già perso. Non c'è vittoria per coloro che non sfruttano le proprie maschere>>. La battaglia tra l’Avalon ed il Damocles continua senza tregua: Lelouch continua a sacrificare soldati e truppe per fermare le testate F.L.E.I.J.A., ma inutilmente: nonostante vengano attaccate, le testate esplodono ugualmente, distruggendo ogni volta intere divisioni dell'armata britanna. Lelouch ordina a Suzaku di attaccare la fortezza, ma tutto ciò si rivela inutile: la fortezza viene avvolta da un gigantesco campo di scudi energetici, tanto che tutti gli attacchi del Knight of Zero si rivelano vani. Nonostante il fatto che quando lo scudo è alzato il Damocles non può sparare il F.L.E.I.J.A., Lelouch capisce che in queste condizioni sono destinati alla sconfitta. Confidando nel dispositivo anti-F.L.E.I.J.A. messo a punto da Nina e dal conte Lloyd, Lelouch ordina a tutte le truppe di riunirsi attorno all’Avalon e da l’ordine di attaccare il Damocles con l’Avalon stessa. Intanto Schneizel si prepara a dare il colpo di grazia all'armata britanna, pronto a distruggere l'Avalon incurante dei membri della Federazione delle Nazioni Unite tenuti in ostaggio, affermando di fronte a Xing Ke che ormai le forze dei Cavalieri Neri sono state decimate, e che il F.L.E.I.J.A. è l'unica opzione rimasta. Xing Ke riesce ad ottenere da Schneizel 10 minuti per attuare un piano: Xing Ke, Toudou e Kallen attaccano l’Avalon dal retro, con lo scopo di salvare gli ostaggi. Suzaku accorre a proteggere la nave, e sconfigge Toudou, ma non riesce a fermare Xing Ke, che nel frattempo riesce a colpire l’Avalon, distruggendone i motori, salendo a bordo. Lelouch quindi si appresta ad abbandonare la nave, lasciando detto a Lloyd, Cecile e Sayoko di procedere con la missione come stabilito. Dirigendosi verso l'hangar, Lelouch ha occasione di parlare con Nina. Nina gli dice di averlo aiutato perché il suo desiderio era anche il desiderio di Euphemia, e che anche se non perdonerà mai Zero lei lo ha fatto per riuscire a trovare la propria risposta. I due quindi si separano. Nell'hangar, Lelouch incontra C.C., che sta per uscire con il suo knightmare (il Lancelot Conquista che apparteneva a Suzaku), e le chiede di scortarlo fuori. C.C. gli chiede se non serba rancore verso di lei, visto che a causa sua il suo destino ha preso un percorso inaspettato. Ma Lelouch la ringrazia e le dice che se è giunto dove è ora è solo grazie a lei. I due vengono interrotti da Kallen (in lacrime) che sfonda la parete col suo Guren. <<Addio, Lelouch>> Kallen lo attacca ma viene contrastata da C.C. che dà a Lelouch il tempo di salire sullo Shinkirou e di scappare; il Lancelot viene quindi abbattuto dal Guren, mentre Kallen commenta <<Come se mi importasse qualcosa batterti, C.C...>>. A bordo del suo Knightmare Lelouch si dirige direttamente verso il Damocles, e Schneizel decide di risolvere il conflitto una volta per tutte dando l’ordine di aprire un varco nello scudo per poter sparare il F.L.E.I.J.A. Nunnally preme il pulsante di lancio, e l’arma parte diretta verso il suo bersaglio; Lelouch e Suzaku lavorano insieme per far funzionare l’invenzione di Nina e Lloyd creata apposta per contrastare il F.L.E.I.J.A. L'imperatore inserisce i dati sulla composizione chimica della testata, mentre Suzaku lancia il dispositivo nell'esplosione appena formatasi, il tutto in 19 secondi e 4 decimi. Il F.L.E.I.J.A implode su sé stesso, l’attacco di Lelouch e Suzaku ha funzionato e l’Avalon e tutti gli altri sono salvi. Lelouch approfitta dello stupore generale, usando lo scudo dello Shinkirou per tenere aperto il varco nello scudo della Damocles, permettendo a Suzaku e ad altri Knightmare di entrare nella fortezza volante. L'attacco contro la Damocles ha inizio, e i Knightmare infliggono pesanti danni alla fortezza. L'intera struttura viene scossa dalle esplosioni, e Nunnally cade a terra, lasciandosi sfuggire dalle mani il pulsante di lancio delle testate. Nel frattempo, all'esterno la battaglia continua senza sosta, e Jeremiah decide di affrontare il Knight of Six lord Anya Easterling.
La fine della battaglia
Schneizel si vede costretto a mettere in atto il suo piano finale: scappare per poi far esplodere il Damocles con tutte le testate F.L.E.I.J.A. rimaste mentre Lelouch è ancora a bordo. <<Il Damocles e il F.L.E.I.J.A. sono soltanto delle macchine. Possiamo sempre ricostruirle>>. Egli è pronto anche a sacrificare Nunnally lasciandola a bordo <<La pace del mondo o una vita... È triste, ma le due cose non sono comparabili>>, la quale intanto cerca disperatamente di ritrovare il dispositivo di lancio cadutole a terra. Schneizel sale a bordo della navetta per fuggire, ma appena salito a bordo uno dei monitor si illumina, e Lelouch appare sullo schermo. Schneizel capisce di ritrovarsi intrappolato dalle guardie sotto l’effetto del Geass. Lelouch gli spiega come ha fatto a prevedere la sua mossa: l'imperatore gli dice che lui è limitato perché guarda solo al presente, e Schneizel gli risponde che è uno stolto perché l’ambizione umana porterà sempre alla guerra. Ma Lelouch afferma che gli uomini cercano solo la felicità, cosa che non potranno ottenere sotto un regno dominato dal terrore del F.L.E.I.J.A. Schneizel ride sentendo questo discorso e gli dice di sbrigarsi ad ucciderlo, ma all'improvviso Lelouch gli appare alle spalle <<Ti offrirò un dono... quello di servire me, Zero>>, e uno stupefatto Schneizel cade sotto l'influenza del suo Geass. Kanon e Diethard si rendono conto che quella sullo schermo era solo una registrazione fatta per distrarli, per permettere a Lelouch e ad alcune guardie "geassate" di giungere indisturbate all'interno della navetta. Diethard riesce a liberarsi, minacciando Lelouch con una pistola <<Zero, la tua storia è ormai conclusa! Non posso assolutamente lasciarti in vita!>>. Ma prima che egli possa sparargli, Schneizel lo uccide, difendendo il suo nuovo signore. Lelouch quindi ordina a Schneizel di disinnescare il codice di autodistruzione della Damocles. Schneizel ovviamente gli obbedisce, ma gli dice che il comando del F.L.E.I.J.A. è in mano a Nunnally. Nel frattempo Suzaku riesce a sconfiggere Gino, ma questi disabilita parte della scudo permettendo a Kallen di entrare all'interno della fortezza <<Suzaku, sembra sia arrivato il momento di chiudere i conti definitivamente!>>. Lelouch intanto giunge nel luogo dove si trova Nunnally. Ella è nuovamente seduta sulla sua sedia a rotelle, ed ha in mano il dispositivo del F.L.E.I.J.A. La ragazza gli dice che non può lasciare che la chiave del F.L.E.I.J.A. finisca in mano sua, e per questo non può più distogliere lo sguardo. Mentre lo dice apre gli occhi. Lelouch è sconvolto, la sorella è riuscita a liberarsi dell’effetto del Geass imposto dal padre solo con la sua volontà. <<Fratello mio... Hai intenzione di usare il Geass... Anche su di me?>> La ragazza gli dice che non gli consegnerà mai la chiave del Damocles, anche se il fratello dovesse usare il Geass su di lei. Lelouch quindi è indeciso se usare o meno il suo potere sulla sorella, rendendosi conto che in tal modo andrebbe contro tutto ciò che aveva fatto fino a quel momento, ovvero cercare di renderla felice. All’esterno del Damocles la battaglia tra Suzaku e Kallen prosegue senza esclusione di colpi, così come lo scontro tra Jeremiah ed Anya. Tutte le persone coinvolte nella guerra riflettono sul perché stanno combattendo, esponendo i propri ideali e le proprie motivazioni all'avversario: tutti lottano, chi per raggiungere uno scopo, chi per proteggere qualcosa o qualcuno, chi per trovare il proprio posto nel mondo. Nunnally nel mentre sta discutendo con Lelouch, dicendogli che il Geass è vile perché piega la volontà delle persone, distruggendo il loro orgoglio. Lelouch le rinfaccia il fatto che il Damocles è la stessa cosa, in quanto tiene le persone in suo potere con il terrore del F.L.E.I.J.A., ma Nunnally risponde che farà sì che il Damocles diventi il simbolo dell’odio, in modo che tutto il rancore si riversi su di esso così che la gente possa avanzare verso il futuro. Dopo queste parole Lelouch decide di usare il Geass sulla sorella ordinandole di consegnargli la chiave del Damocles. La ragazza tenta di resistere, ma dopo pochi istanti il Geass la costringe ad obbedire. All’esterno Anya riesce a distruggere il Knightmare di Jeremiah, ma all'ultimo istante l'uomo riesce a infliggere un ultimo colpo che gli regala la vittoria; Suzaku e Kallen continuano a combattere, nonostante i due Knightmare abbiano quasi terminato l'energia e siano costretti ad affrontarsi in una lotta corpo a corpo. I due sono allo stesso livello di bravura e forza (Kallen ha dalla sua un Knightmare più potente, ma Suzaku sfrutta a suo favore il Geass impostogli), ma con un colpo finale entrambi i mezzi vengono resi inutilizzabili: il Guren cade dalla fortezza privo della testa e di entrambe le braccia (Kallen viene salvata da Gino che recupera al volo i rottami del mezzo), mentre il Lancelot, colpito in pieno petto, esplode <<Hai vinto tu, Kallen...>> Lelouch intanto prende la chiave da Nunnally, e mentre la ragazza è ancora sotto l’effetto del Geass le chiede scusa e le dice che le vuole bene. Nunnally si risveglia dall'ipnosi, scoprendo che suo fratello (tornato ad assumere un atteggiamento malvagio e sprezzante) le ha preso il dispositivo, prova a riprendersi la chiave, inutilmente. Nel frattempo, C.C. (uscita dall'abitacolo del Lancelot che era finito in mare) viene tratta in salvo da Kaguya ma mentre le due parlano viene lanciato l’ennesimo F.L.E.I.J.A, e stavolta la tesata esplode in direzione delle forze dell'ordine dei Cavalieri Neri: Lelouch annuncia al mondo che ormai i Cavalieri Neri non hanno più la forza necessaria a contrastarlo, e che lui è pronto a mostrare nuovamente la potenza del F.L.E.I.J.A. se troverà altri ostacoli sulla sua strada; la Britannia ha vinto, e Lelouch è il padrone incontrastato del mondo intero!
La fine di Lelouch
Due mesi dopo, in Giappone... l’imperatore Lelouch si mostra in pubblico durante una parata, diretto verso il luogo dell'esecuzione pubblica per far giustiziare i suoi nemici (tra cui Kallen, Ougi, Toudou, Xing Ke, Tianzi, Kaguya, Schneizel, e Nunnally). All'improvviso però, nel bel mezzo della strada appare... Zero!
Tutti sono sconvolti, i Cavalieri Neri non capiscono cosa stia succedendo, poiché Lelouch è proprio lì di fronte a loro. Zero comincia a correre verso l’Imperatore, schivando tutti gli attacchi delle guardie. Lelouch prova a difendersi estraendo una pistola, ma Zero lo disarma facilmente con un fulmineo colpo di spada. Ma un istante prima che Zero lo trafigga, Lelouch sorride.
In un flashback vediamo Lelouch e Suzaku che discutono tra loro riguardo al loro piano, lo Zero Requiem. L'imperatore gli dice che d’ora in avanti sarà lui a vestire i panni di Zero e che come promesso, sarà il giapponese la persona che ucciderà Lelouch, colui che ha attirato su di sé l'odio del mondo intero: tutto ciò che Suzaku deve fare per portare la pace è cancellare la sua esistenza.
Zero (Suzaku) piangendo trafigge Lelouch, il quale ha ancora la forza per dire le ultime parole all’amico <<Inoltre questa è la tua punizione... sarai costretto a sacrificare la tua felicità per il mondo, per sempre...>> <<Un simile Geass... lo accetterò volentieri!>>; poi Lelouch cade morente di fronte alla sorella. Nunnally gli tocca la mano e (per qualche strana ragione) riesce a vedere in un attimo tutto il piano architettato da Lelouch e Suzaku, e resasi conto che suo fratello non era la persona malvagia che fingeva di essere, piange disperatamente sul suo corpo.
Nell’istante in cui Lelouch muore, Cornelia, Viletta ed i "ribelli" rimasti liberi attaccano la parata e liberano i Cavalieri Neri. Zero viene acclamato come eroe mentre anche Kallen piange, perché ha finalmente capito le vere intenzioni di Lelouch.
Il mondo è ormai cambiato, Kallen è tornata a condurre una vita da normale liceale, i governi sono democratici, Nunnally è la nuova imperatrice di Britannia con Suzaku nei panni di Zero al suo fianco, Ougi (ora primo ministro del giappone) e Viletta si sono sposati e presto avranno un bambino, Jeremiah ed Anya vivono in campagna coltivando arance, ed il Damocles è stato distrutto. La scena si sposta in campagna, dove un carretto avanza su un viale (il carrettiere porta un cappello che impedisce di farci vedere la sua faccia, e quando la visuale si avvicina il suo viso è tagliato fuori dalla scena). Sopra al carro vi è C.C. che, rivolgendosi a Lelouch, riflette che in fondo il Geass non porta solo la solitudine.
Inizio
Il 10 agosto del 2010, il Sacro Impero di Britannia invade il Giappone, distruggendo il suo esercito e conquistando ogni territorio in meno di un mese grazie a potenti armi robot, i Knightmare Frames. Il Giappone perde la sua indipendenza, la sua dignità e il suo nome: viene rinominato Area 11 mentre la popolazione giapponese viene da allora chiamata elevens e costretta a vivere in dei ghetti, mentre i cittadini di Britannia risiedono nei quartieri di prima classe. I ribelli continuano a combattere aspramente in piccole fazioni contro l'Impero per l'indipendenza del Giappone.
Sette anni dopo
Lo scontro con Clovis
Trascorsi sette anni, Lelouch si trova nell'Area 11 e durante uno scontro tra soldati britanni e terroristi giapponesi (così vengono definiti i partigiani giapponesi dalle autorità imperiali) incontra una misteriosa ragazza, chiamata C.C., che gli dona il potere del Geass, il potere di far eseguire senza obiezioni qualsiasi tipo di ordine. Con esso, egli ha finalmente i mezzi necessari per sconfiggere la Britannia e soddisfare i suoi due desideri: vendicare la madre e costruire un mondo dove la sua amata sorella possa vivere felice. Lelouch inizia il suo piano di distruzione prendendo in mano le sorti di un gruppo di terroristi che egli riesce a salvare da una sicura distruzione: ucciso il principe e fratello Clovis (governatore dell'Area 11) egli si crea una controparte mascherata, "Zero" (nome fittizio per nascondere la sua identità di principe di Britannia) e si pone a capo dell'ordine dei cavalieri neri, un gruppo armato nato dal precedente gruppo terroristico.
Lo scontro con Mao
Attraverso vari scontri contro l'esercito britanno, Lelouch si troverà più volte a fronteggiare Suzaku Kururugi, suo amico d'infanzia diventato britanno onorario e pilota del primo Knightmare frames di ottava generazione: il Lancelot. Seguono diverse puntate in cui l'ordine si scontrerà più volte con le truppe del governatore generale Cornelia, principessa imperiale e ottima combattente, e una breve parentesi di alcune puntate in cui compare Mao, un uomo dotato di Geass il cui potere è la lettura del pensiero e del passato. Egli spingerà Shirley, compagna di classe ed innamorata di Lelouch, che però è a conoscenza della vera identità di Zero e del fatto che sia stato lui ad uccidere suo padre nel corso di una battaglia, a provare ad uccidere il suo amato. In uno scontro in un luna park finira con l'essere fucilato da numerosi poliziotti tutti ipnotizzati da Zero. Ferito Mao è ancora deciso a vendicarsi arrivando a rapire Nunnally cercare di distruggere Zero. Per affrontarlo Lelouch arriva ad utilizzare il geass contro se stesso convincendosi di non sapere nulla sulla sorte della sorella e mentre lui distrae Mao sarà Suzaku a salvarla. Mao sarà infine ucciso dalla stessa C.C., ma Lelouch si trova costretto a cancellare i ricordi di Shirley per non farla soffrire ulteriormente.
L'intervento di Euphemia
Tolto di mezzo il Fronte di Liberazione Giapponese (ostacolo ai suoi piani) e radunati i superstiti nell'ordine dei cavalieri neri, Lelouch si trova a dover fronteggiare un elemento imprevisto: la principessa Euphemia dichiara la creazione di una zona ad amministrazione speciale (la Regione speciale Giappone), nella quale i giapponesi avrebbero ricevuto gli stessi diritti di un cittadino britanno. Zero, deciso a non abbandonare il suo desiderio di vendetta, non desidera la fine delle ostilità e pianifica di ordinare a Euphemia di sparagli di fronte ad una folla di spettatori per far fallire il progetto della principessa. Ma alla fine, persuaso dalle buone intenzioni di Euphemia, decide di cessare le ostilità, quando all'improvviso, mentre stava parlando con lei, il suo Geass diventa permanente ed egli le dà involontariamente l'ordine "uccidi tutti i giapponesi". Scoppia un massacro nel quale le truppe britanne massacrano i civili giapponesi, e Lelouch decide di sfruttare l'opportunità: uccisa Euphemia, e avendo convinto i sopravvissuti a lottare, egli raduna forze a sufficienza per attaccare Tokyo. Ha così inizio la "Black Rebellion".
Cornelia e Suzaku
Lelouch riesce a sconfiggere Cornelia ma quando sta per catturarla C.C. lo avverte che sua sorella Nunnally è stata rapita (è V.V. a prenderla con sé) e portata via sull'isola di Kaminejima, e per questo Zero abbandona il campo di battaglia, inseguito dal sopraggiunto Knightmare Giga Fortress (detto anche Sigfried) pilotato da Lord Jeremiah Gottwald, un soldato britanno caduto in disgrazia perché sfruttato da Zero e ora ridotto ad un ibrido umano-macchina a causa degli esperimenti condotti dalla Britannia. C.C. lo fermerà gettandosi nell'oceano assieme a lui, mentre Lelouch si addentra nell'isola deciso a salvare la sorella, dove improvvisamente Suzaku fa la sua entrata in scena: a questo punto assistiamo a uno scontro finale tra Zero e Suzaku, che ha giurato vendetta per la sua amata Euphemia. Il finale però è omesso (viene mostrato nella seconda serie).
Seconda serie
Inizio
La seconda serie ha inizio un anno dopo la Black Rebellion, finita con la sconfitta dei ribelli giapponesi; la scena si sposta sull'Ashford, e nell'istituto vediamo Lelouch immerso in una ordinaria vita da studente, ma immediatamente si notano diverse incongruenze: Nunnally, sorella del protagonista, sembra scomparsa dalle menti di tutti e al suo posto troviamo un fratello minore, Rolo; Villetta Nu, pilota di Knightmare al servizio dell'esercito britanno (che nel passato, avendo perso la memoria aveva amato Ougi Kaname, vice-comandante di Zero, ma che poi avendo riacquistato i ricordi non aveva esitato a sparargli ferendolo gravemente durante la Black Rebellion), è adesso una insegnante di educazione fisica; Shirley, benché le fosse stata rimossa la memoria da Lelouch riguardo tutti i ricordi sulla loro relazione, è tornata ad amarlo; Lelouch sembra non ricordare più nulla di tutto ciò che era accaduto nella prima serie, inclusa la sua doppia identità come Zero e il suo passato come principe britanno.
Lelouch si reca alla Babel Tower per disputare una partita a scacchi, ma improvvisamente quella che sembra essere l'ultima cellula terroristica dei Cavalieri Neri attacca l'edificio, decisa a recuperare Lelouch e farlo tornare alla guida dei ribelli. L'edificio viene immediatamente circondato dall'esercito britanno, ma C.C. riesce a far recuperare la memoria a Lelouch prima che egli venga ucciso; recuperati i ricordi e l'uso del Geass, Zero stermina i soldati giunti per ucciderlo.
Ricordi
Scopriamo in tal modo che Lelouch era stato sconfitto e catturato da Suzaku il quale lo aveva condotto innanzi all'imperatore di Britannia, ottenendo in tal modo il titolo di "Knight of the Rounds", uno dei più potenti piloti di Knightmare ai diretti ordini dell'imperatore stesso; i ricordi del protagonista erano stati rimossi dal Geass dell'imperatore di Britannia, e quest'ultimo lo aveva lasciato in vita per utilizzarlo come esca per i membri dell'ordine dei Cavalieri Neri sfuggiti alla cattura.
La verità su Rolo
Improvvisamente compare un nuovo Knightmare nemico, basato sul modello del Lancelot, che fa strage dei seguaci di Zero; a fermarlo sarà Urabe, uno degli Shisei-ken (traducibile in "spada sacra", egli era uno dei quattro sottoposti del colonnello Toudoh), che si sacrificherà per salvare Lelouch; a questo punto la torre viene fatta esplodere dai ribelli, facendo sì che i Knightmare nemici arrivati dall'alto si schiantassero al suolo, e contemporaneamente che i resti dell'edificio crollassero uccidendo il governatore generale Calares. Sfruttando le macerie come una sorta di ponte, i Cavalieri Neri trovano rifugio nell'ambasciata Cinese, e da qui Zero annuncia nuovamente al mondo intero il suo desiderio di combattere l'impero di Britannia. Scopriamo quindi la vera identità di Rolo, cioè quella di un agente inviato per sorvegliare Lelouch ed ucciderlo nel caso avesse riacquistato la memoria, che opera assieme a un gruppo di sorveglianza nascosto nell'Ashford del quale fa parte la stessa Villetta Nu. Oltre a ciò, scopriamo anche che egli era il pilota del Knightmare apparso nella Babel Tower, e che è anche lui in grado di utilizzare un Geass. Dissimulando abilmente l'accaduto e sfruttando il suo Geass, Lelouch riesce a rendere Rolo suo alleato, e contemporaneamente riesce a restituire la libertà ai Cavalieri Neri imprigionati.
L'intervento di Nunnally
A questo punto la situazione però si complica: Suzaku, deciso a sorvegliare Lelouch, torna ad essere uno studente dell'Ashford, e porta con sé altri due Knights of the Rounds, Gino Weinberg e Anya Alstreim, e contemporaneamente scopriamo che Nunnally è stata designata come nuova Governatrice generale dell'Area 11. Lelouch, colpito dai dubbi, decide di rapire la sorella portandola via dalle mani dei britanni, ma il piano fallisce a causa dell'intervento delle forze aeree britanne supportate dai 3 Knights of the Rounds. L'incertezza su cosa fare aumenta quando Nunnally afferma di voler dare nuovamente vita alla Zona ad amministrazione speciale, invitando i giapponesi e lo stesso Zero a partecipare, ma dopo un iniziale momento di smarrimento, Zero torna in azione: sconfitte le forze marine britanne, Lelouch accetta di partecipare all'evento, cogliendo l'occasione per mettere in atto un piano per rendere liberi i Cavalieri neri: fingendo di voler abbandonare i giapponesi, Zero riesce ad ottenere di essere esiliato dalla Zona 11, ma a questo punto tutti i suoi seguaci si travestono con costumi identici al suo, e sfruttando il carattere di Suzaku, riesce a ottenere l'esilio di tutti i suoi uomini.
La federazione cinese
A questo punto l'Ordine dei cavalieri neri si trasferisce in Cina, ma scopriamo che i più potenti signori della federazione, i Generali Eunuchi, hanno deciso di ottenere maggiore potere tramite un matrimonio di convenienza tra l'imperatrice cinese e uno dei principi britanni, vendendo così di fatto l'intera federazione all'impero britanno. Poiché per Zero la situazione si presenta rischiosa, egli agisce immediatamente sfruttando il colpo di stato di Xingke (membro di rilievo della federazione cinese, contrario alle ambizioni dei Generali, che decide di fermare le nozze), rapendo l'imperatrice cinese.
Dopo una iniziale sconfitta causata dall'abile tattica sfruttata da Xingke (operazione durante la quale Karen e il Guren vengono catturati), Zero riesce a sconfiggere le forze cinesi, ottenendo un'alleanza con il suo rivale cinese, la ritirata momentanea delle forze britanne e l'eliminazione dei Generali Eunuchi, ma nonostante ciò Karen non viene salvata, in quanto portata via da Suzaku.
La morte di Shirley
Scopriamo inoltre l'esistenza di una misteriosa organizzazione, il "Culto", un gruppo che è in qualche modo legato ai poteri del Geass e che è attualmente sotto il controllo di V.V.; in questa occasione scopriamo anche che Cornelia è viva, ed ha deciso di dimostrare al mondo l'esistenza del Geass per dimostrare l'innocenza di Euphie riguardo al massacro della prima zona ad amministrazione speciale del Giappone, ma ella viene quasi immediatamente catturata da V.V.
Tornato in Giappone, assistiamo ad uno sviluppo improvviso: il ritorno di Lord Jeremiah Gottwald. Sopravvissuto alla caduta nell'oceano e reso ancora più potente dall'aggiunta del Geass Canceller, Jeremiah fa sì che Shirley recuperi i ricordi cancellati da Lelouch, e successivamente egli si dirige all'inseguimento di Zero nella sua veste di "Assassino del Culto". Anche Shirley si dirige sul luogo per cercare di aiutare Zero, ma qui incontra Rolo, e i due tengono un discorso dal quale Rolo capisce che la ragazza ha recuperato i suoi veri ricordi, ed egli attiva il suo Geass. Subito dopo la scena si sposta su Jeremiah e Lelouch, che riesce a fermarlo utilizzando il Gefjun Disturber (le parti meccaniche di Lord Gottwald agivano grazie al Sakuradite), ma nonostante ciò non riesce a bloccarlo completamente, e Jeremiah ha la forza di domandargli perché fosse diventato Zero. Lelouch gli rivela il suo profondo odio verso l'imperatore a causa della morte della madre Marianne, e a questo punto Jeremiah, trovando giusta la motivazione di Zero, decide di schierarsi dalla sua parte. Mentre Lelouch sta uscendo dall'edificio, però, egli nota un corpo disteso a terra. È Shirley, ferita a morte e ormai prossima alla fine: ella muore tra le braccia di Lelouch.
Scopriamo quindi che era stato proprio Rolo a ucciderla per evitare che potesse rivelare il segreto sull'identità di Zero, e Lelouch gli dice che ha fatto bene; ma in realtà egli è furioso, e trama di distruggere per sempre Rolo dopo averlo sfruttato ancora una volta.
Lo scontro con V.V.
A questo punto Zero, che era dapprima deciso a portare sotto il suo controllo il Culto, adesso sceglie di distruggerlo completamente, nonostante i suoi membri siano semplicemente scienziati e non militari, nella convinzione che il Geass non faccia altro che portare sofferenza agli uomini. Sfruttando le informazioni fornite da Rolo e da Jeremiah, l'ordine dei cavalieri attacca la base segreta del Culto, massacrando tutti coloro che erano sul luogo (incluso il generale Patre, colui che si era occupato di trasformare Lord Jeremiah nell'ibrido umano-macchina); a questo punto entra in scena V.V. pilotando il Sigfried, e Zero decide di far sì che la bomba piazzata sul Knightmare di Rolo esploda distruggendo anche il suo avversario, ma all'ultimo istante interviene Cornelia, fino a poco prima prigioniera in quel luogo, che attacca il Giga Fortress, facendo perdere a Rolo la presa sul nemico. Frattanto, Suzaku, turbato dalla morte di Shirley, decide di utilizzare una droga per costringere Karen a rivelargli la vera identità di Zero, convinto che sia lui l'assassino della ragazza. Distrutto il Sigfried, Zero si appresta a dare il colpo di grazia a V.V., ma improvvisamente egli viene risucchiato da un portale e si ritrova in uno strano luogo, una sorta di tempio (chiamato la spada di Akasha), dove è suo padre l'imperatore ad accoglierlo. <<Figlio mio... Il tempo è giunto! Il tempo dell'espiazione!>>. Qui Lelouch ordina al padre di uccidersi, ma nonostante egli si spari, non muore: l'imperatore ha deciso di rinunciare al suo Geass per appropriarsi del Code di V.V., la sua immortalità, immunità al Geass e capacità di concederlo ad altri (portando alla morte quest'ultimo, in quanto era rimasto gravemente ferito dal combattimento contro Zero). Scopriamo quindi che il desiderio di C.C., per il quale aveva stretto un patto con Lelouch, era quello di morire: la ragazza non sopportava più quella eterna vita nella quale era destinata a rimanere sempre sola (le persone che la amavano potevano morire e lei no). Nel mentre, Suzaku rinuncia ad utilizzare la droga su Kallen per farla parlare, disgustato dall'idea di dover diventare simile a Zero utilizzando quel metodo. Direttosi nei sotterranei della scuola, comprende che alla squadra posta a controllare Lelouch è stato imposto un Geass e in tal modo realizza il fatto che Lelouch è Zero.
Il passato di C.C.
Scopriamo qualcosa di più sul passato di C.C.: da piccola, in un tempo remoto (medioevo, probabilmente), le era stato donato un geass da una suora che faceva sì che coloro che la guardavano negli occhi cominciassero ad amarla incondizionatamente; quando tale potere divenne attivo, la suora le cedette il suo Code condannandola ad una vita eterna. Poiché non vuole lasciare un tale fardello sulle spalle di Lelouch, la ragazza decide di farsi uccidere dall'imperatore, ma all'ultimo momento, colpita dalle parole del ragazzo (<<Perché non hai provato a morire sfruttandomi come tuo rimpiazzo? Pensavi che non fossi capace di portale un tale fardello? Io so qual è il tuo vero desiderio, C.C.! Io sarò capace di farti sorridere!>>) decide di non farla finita, e torna al di là del portale con Lelouch, ma nel fare questo ella subisce la perdita della sua memoria. Inoltre veniamo a conoscenza del fatto che nello stesso momento un esperimento Britanno giunge a produrre i risultati attesi, risultati che sembra porteranno alla creazione di nuove armi di distruzione di massa: gli scienziati creano il F.L.E.I.J.A., un'arma in grado di creare una devastante implosione, arma che viene equipaggiata al Lancelot (anche se si pensava di equipaggiarla al Guren, catturato e potenziato). Cornelia viene presa prigioniera dall'Ordine dei Cavalieri Neri, e poiché l'imperatore sembra essere rimasto intrappolato nel tempio, Lelouch decide di accelerare i suoi piani, arrivando alla creazione di una federazione di stati comprendenti i territori dell'ex federazione cinese, stati distaccatisi dall'UE e diversi territori precedentemente sotto il dominio Britanno. Ma ecco che l'imperatore appare, lanciando la sua sfida: ora che il mondo è diviso in due, Zero combatterà per conquistare tutto... o perdere tutto.
Battaglia decisiva
Lelouch è deciso a salvare la sorellina, possibile ostaggio dell'imperatore, ma lo scontro si preannuncia titanico: sopraggiungono contro l'ordine dei cavalieri neri una moltitudine di Knightmare assieme ad altri due Knight of the Rounds, il Knight of Ten Lord Luciano Bradley e il Knight of One Lord Bismark Waldstein. Zero, deciso a salvare la sorellina a tutti i costi, decide di contattare Suzaku che accetta di proteggerla, ma in cambio, essendo ormai a conoscenza della sua identità, il giapponese gli chiede un incontro in segreto. L'ordine dei cavalieri neri si prepara a combattere per conquistare il Giappone, in quanto in caso di vittoria le nazioni sotto il dominio britanno insorgeranno contro l'impero. Mentre sul fronte vediamo impegnate in battaglia le forze ribelli guidate da Xingke e quelle britanne supportate dal Knight of One Lord Bismarck Waldstein e dal Knight of Ten Lord Luciano Bradley, Lelouch si incontra con Suzaku. Il giapponese gli rinfaccia i suoi peccati, e il principe ribelle se li addossa dal primo all'ultimo (anche la colpa per eventi accaduti non per sua volontà), ma afferma di non poter cambiare le cose a questo punto. Per arrivare finalmente a un mondo migliore, Suzaku decide di aiutarlo un'ultima volta, quando all'improvviso dei soldati britanni fanno la loro apparizione, arrestando Lelouch. Zero, convinto di essere stato tradito ancora una volta da quello che considerava un amico, sfrutta un Geass precedentemente imposto su un soldato britanno (Lord Guilford, cavaliere della principessa Cornelia) per fuggire e dirigersi verso Tokyo. A questo punto Zero dà inizio all'attacco della città: un battaglione dell'ordine dei cavalieri fino a quel momento rimasto nascosto si dirige verso la capitale (Lord Bradley lascia affrontare Xingke a Lord Bismark e si dirige sul luogo), e mentre Lelouch attiva un congegno disturbatore celato sulla linea ferroviaria (che disattiva gran parte dei Knightmare britanni) un gruppo d'infiltrazione guidato da Rolo si dirige al palazzo del governatore per recuperare Nunnally. La battaglia ha inizio, e Suzaku scende in campo con il Lancelot equipaggiato con il F.L.E.I.J.A., benché deciso a non usare per nessuna ragione tale arma. Lelouch, non considerando più Suzaku un amico, dà ordine ai suoi uomini di distruggerlo. A fronteggiare il giapponese scendono in campo Jeremiah sul suo nuovo Knightmare, il Sutherland Sieg, e il "geassato" Lord Guilford su un Vincent. A questo punto però scendono in campo anche il Knight of Three Lord Gino Weinberg e il Knight of Six Lord Anya Alstreim, decisi a fermare Zero. Frattanto, il gruppo d'incursione guidato da Rolo giunge a liberare Karen, che scende in campo sul suo precedente Knightmare, il Guren Kashoushiki, che potenziato dagli scienziati britanni è diventato un mezzo di gran lunga più potente di qualsiasi altro Knightmare, il Guren Seiten Hakkyokushiki. Con esso Karen distrugge facilmente in battaglia il Knightmare di Lord Bradley, uccidendolo; la sua potenza è inoltre tale da ridurre in rottami il Lancelot. Ma quando Suzaku sta per essere definitivamente sconfitto, il geass di Lelouch "sopravvivi" ha il sopravvento: il giapponese fa fuoco con il F.L.E.I.J.A., e il proiettile, che manca il Seiten, va a colpire il palazzo del governatore, nel quale erano presenti tra i molti Nunnally e una delle quattro spade sacre, Asahina, disintegrandolo completamente assieme a una vasta area della città. Il numero delle vittime è di 35 milioni (10 milioni di britanni e 25 di Eleven), e l'enorme cratere rimasto sul terreno porta il terrore in entrambe le parti dello schieramento, che cessano momentaneamente il combattimento. Zero, ormai reso quasi folle dal dolore, e ancora incapace di credere all'accaduto, ordina ai suoi uomini di mettersi alla ricerca di Nunnally, ma a questo punto intervengono Rolo e Jeremiah, portandolo via di peso dal campo di battaglia in quanto non in grado di riflettere lucidamente.
La verità su Zero
Frattanto Cornelia, tenuta prigioniera sulla nave ammiraglia di Zero, riesce a fuggire, ma viene presto raggiunta dai membri dell'ordine. Ma ecco che quando stanno per catturarla, un mezzo aereo britanno atterra sul ponte, e da esso scende Schneizel in persona, giunto in veste di ambasciatore. Zero, ancora profondamente turbato da quanto successo, si ritira nelle sue stanze, e vedendo un ciondolo che aveva regalato a Nunnally nelle mani di Rolo, Lelouch gli urla addosso tutto il suo odio affermando di aver finto di essere gentile con lui e di averlo cercato di uccidere più volte, sconvolgendo il finto fratellino. Essendo Zero non reperibile, sono i membri più importanti dell'Ordine, tra cui Toudoh e Diethard, a trattare con il primo ministro britanno, il quale sconvolge tutti rivelando loro l'identità di Zero, e fornendo prove che dimostrano come lui abbia sfruttato i giapponesi per i suoi scopi (ad esempio la registrazione di una conversazione tra Lelouch e Suzaku in cui il britanno afferma di aver costretto Euphemia a massacrare i giapponesi), prove confermate da Cornelia, Ougi e Villetta. I Cavalieri Neri si rendono conto che loro per Zero non erano altro che pedine, e decidono di consegnarlo a Schneizel. Ougi tuttavia dice che accetterà tale scambio solo se l’Impero cederà il controllo sul Giappone. Karen, all'oscuro della cosa, viene mandata a chiamare Zero, e insieme si dirigono in uno degli Hangar della nave, dove i Cavalieri Neri lo prendono in trappola. Kallen è pronta a morire difendendo Lelouch, ma egli capisce che non ha via d'uscita e perciò dice che per lui la ragazza, come tutti i Cavalieri Neri, non era altro che una pedina e ammette davanti a tutti che tutte le accuse sono fondate. Kallen, sentendosi ingannata, si allontana da lui, e mentre i Cavalieri Neri stanno per giustiziarlo Lelouch le sussurra che lei deve continuare a vivere.
La morte di Rolo
I Cavalieri sparano ma all'improvviso sopraggiunge lo Shinkirou proteggendolo: è Rolo il pilota, che prende con sé Lelouch e lo porta in salvo usando il suo Geass. Lelouch gli dice di fermarsi perché ormai non ha più motivo di vivere, essendo Nullaly morta, e inoltre gli dice che se continuerà ad usare il Geass in quel modo il suo cuore non reggerà lo sforzo, ma Rolo non si ferma e continua ad usare il suo potere per riuscire a scappare. Rolo dice che fa questo perché i ricordi creati durante il periodo in cui era stato al fianco di Lelouch hanno fatto si che lui diventasse umano e non più uno strumento per uccidere in mano ad altre persone: sta facendo tutto questo di sua spontanea volontà, spinto dal suo desiderio di salvare l'unica persona che è stata affettuosa con lui.
Atterrati nella foresta, finalmente in salvo, Lelouch chiede a Rolo, che ormai sta morendo per aver usato più volte il Geass, perché abbia fatto tutto questo. Rolo gli dice che sa che Lelouch stava mentendo quando ha detto che aveva provato ad ucciderlo e che lo odiava, e Lelouch impietosito gli dice che ha ragione, che stava mentendo. Rolo muore quindi felice, convinto che il fratello lo amasse veramente.
Lelouch ha perso tutto, ma proprio grazie a questo si rende conto che ha ancora una cosa che deve fare: distruggere suo padre l’Imperatore <<Farò in modo che tu mi accompagni sulla strada dell'inferno!>>. Suzaku intanto è ancora sul fondo dell'enorme cratere, ancora intento a pensare a ciò che ha fatto, quando si avvicina Nina, la scienziata che aveva creato il F.L.E.I.J.A., anch'ella profondamente sconvolta dall'accaduto, ma Suzaku non fa nulla per confortarla, anzi le fa i suoi complimenti per aver creato "l'arma che porterà la Britannia alla vittoria".
Lelouch intanto si appresta ad affrontare suo padre, il quale si sta dirigendo sull’isola di Kaminejima per attivare la Spada di Akasha; nello stesso momento, però, qualcosa sembra risvegliarsi nella mente di Anya, che scende dal suo Knightmare per andare a parlare con C.C., ma nel momento in cui la tocca nella mente di C.C. non appare Anya... bensì Marianne, la madre di Lelouch, che permette a C.C. di riacquistare la memoria; durante il suo colloquio con la ragazza, scopriamo inoltre che anche l'imperatrice aveva stretto un patto con lei per avere il potere del Geass.
L’Imperatore inizia la sincronizzazione di tutte le rovine sparse attorno al pianeta per dare il via alla "Connessione Ragnarok", e mentre viene diffuso l’annuncio fasullo riguardo morte di Zero, Lelouch si avvicina sempre più a suo padre, imponendo Geass a diversi soldati britanni.
Il piano di Suzaku
Frattanto Suzaku si dirige sull'Avalon, la nave del principe Schneizel, per parlare con lui, mostrandosi estremamente deciso e sicuro di sé, tanto che quando afferma di voler diventare il Knights of One (esso è il più potente cavaliere al servizio dell'impero, che ha persino il diritto di scegliere una qualsiasi delle aree conquistate come propria zona da governare, ed in quanto ciò il titolo che può essere conferito solo dall’Imperatore), Suzaku chiede a Schneizel se lui può dargli quel titolo. Schneizel si mostra per un attimo sorpreso, ma subito dopo risponde che gli concederà quel titolo, una volta diventato imperatore: viene quindi rivelata l’intenzione di Suzaku di attuare un colpo di stato per togliere di mezzo l’attuale Imperatore, facendo sì che sia Schneizel a diventare il nuovo regnante. Gino e Cornelia esprimono la loro disapprovazione per le loro parole ma Schneizel dice loro che ormai suo padre si è sottratto alle sue responsabilità da sovrano, e quindi non ha più il diritto di essere l’Imperatore, e che lui ha il dovere di succedergli al trono per il bene dell'impero. Suzaku quindi chiede a Schneizel di ordinargli di uccidere l’Imperatore, e Gino viene temporaneamente preso prigioniero perché si oppone al piano.
Arrivato a Kaminejima, Suzaku elimina le guardie dell’Imperatore e giunge al suo cospetto, pronto ad ucciderlo, accusandolo di aver mancato ai suoi doveri e di aver fatto sì che Euphemia morisse, non avendola messa al corrente dell'esistenza del Geass, quando interviene Knights of One, fermandolo e iniziando a combattere con il giapponese. Lord Waldstein è veramente forte, ed il Geass imposto su Suzaku gli "urla di scappare per sopravvivere". Tuttavia, quando il Knights of One sta per sferrare il colpo di grazia, un’improvvisa esplosione lo fa fermare: Lelouch appare tra le fiamme, iniziando a mettere in atto il suo piano. Tutte le persone che aveva "geassato" in precedenza iniziano a fare ciò che era stato loro ordinato, ovvero attaccare altri soldati britanni, creando il caos nell'esercito imperiale.
Suzaku si rende conto che tutto ciò è opera di Lelouch e decide di cercarlo, correndo via dallo scontro con Waldstein, ma un proiettile colpisce il terreno di fronte a lui ed egli cade nel cratere.
La verità su Marianne
Il Knight of One decide di riprendere il controllo della situazione, e sale sul suo Knightmare per fermare lo scontro, quando all'improvviso compare Anya a bordo del Mordred, attaccandolo e affermando di essere convinta che anche lui faccia parte delle truppe ribellatesi; lord Bismark riesce a convincerla che egli sia ancora al fianco dell'imperatore, ed Anya cessa subito di combattere con lui, ma in realtà la ragazza è ancora sotto il controllo di Marianne, e riesce ad ingannare Waldstein riguardo alle sue intenzioni, ovvero al suo desiderio di partecipare all'imminente incontro tra Lelouch e suo padre; Lelouch è infatti giunto faccia a faccia con l'imperatore, e prima che egli possa capire cosa stia per fare, Lelouch si intrappola insieme a lui nel Tempio nel Cielo facendo esplodere la porta d’ingresso, sigillando entrambi in quel luogo. <<Adesso, soffri assieme a me per l'eternità!>>.
Nel frattempo C.C. e Anya/Marianne risvegliano Suzaku, rimasto privo di sensi dopo che l'esplosione lo aveva colpito, e lo portano con loro al portale per la Spada di Akasha; dalle parole di Marianne, scopriamo che la spada fa parte del mondo di C., che è a sua volta una sorta di inconscio collettivo, un luogo dove tutte le personalità delle persone, anche quelle morte, si radunano, dando vita ad un'unica entità <<Alcuni lo definiscono Dio>> commenta l'imperatrice. Pochi istanti dopo la stessa Marianne, avendo riattivato il portale danneggiato, entra nel mondo di C., seguita poco dopo anche da C.C. e da Suzaku.
A questo punto la scena si sposta su Lelouch e sull'imperatore, il quale inizia a spiegare la sua storia, ovvero il perché di tutti questi sforzi per attivare la connessione di Ragnarok.
Egli afferma di fare ciò per far nascere un nuovo mondo, un mondo ideale, utopico, dove non esistano le guerre e le menzogne. Il suo desiderio ha origine fin da quando era bambino: essendo vissuto assieme a suo fratello V.V. in costante pericolo, circondato dalle bugie di coloro che desideravano ucciderli per ottenere il possesso del trono, i due giurano di non mentirsi mai e di liberare il mondo dalle menzogne. Ma poi V.V., convinto che l'imperatrice Marianne avrebbe portato al fallimento del loro piano, decide di ucciderla, inscenando l'attentato; nonostante questo l'imperatrice, benché ferita a morte e ormai vicina alla fine, grazie al suo geass, trasferisce la propria coscienza in Anya, che aveva assistito di nascosto alla scena. A causa di ciò, l'imperatore ha perso la fiducia che aveva verso suo fratello, avendo lui finto di essere estraneo al delitto e rompendo così la loro promessa; ciò porterà Charles ad ucciderlo durante l'attacco alla base del culto.
In questo mondo, anche le persone morte potrebbero tornare ad essere vicine alle persone amate, ma Lelouch, benché ci sia la possibilità di rivedere Nunnally, si oppone al progetto dei suoi genitori: il mondo da loro desiderato sarebbe un mondo piatto e uguale, senza cambiamenti di ogni sorta: una cosa che non si potrebbe chiamare vita. Anche Suzaku, benché tentato dall'idea di poter rivedere Euphemia, si schiera dalla parte dell'amico, trovando ingiusto obbligare tutta l'umanità a una cosa che non vuole.
Lelouch decide, quindi, di utilizzare il suo potere per desiderare che l’inconscio collettivo di questo mondo non voglia “fermare il tempo”, non voglia diventare questo mondo piatto descritto dall’imperatore. Dopo aver attivato il Geass, il suo potere si espande ad entrambi gli occhi e riesce a distruggere l’elevatore di Coscienza, la vera connessione a Ragnarok, fermando così il processo ormai avviato.
Con la distruzione di questo mezzo, sia Marianne che Charles iniziano a svanire, perché ormai profondamente legati all'inconscio collettivo, ed è infine Lelouch ad eliminarli, utilizzando nuovamente il suo geass, ordinando loro di scomparire definitivamente.
Lelouch imperatore
Lelouch nelle vesti di Imperatore di Britannia
Un mese dopo, in tutto il mondo viene diffuso l'annuncio che l'imperatore vuole fare un discorso ai suoi sudditi, ma a sedersi sul trono è Lelouch, che si proclama novantanovesimo imperatore di Britannia. Le guardie intervengono per catturarlo, ma a fermarle è Suzaku, presentato da Lelouch come suo cavaliere personale, più potente degli stessi Knights of the Rounds, tanto da avere il titolo di "knight of Zero". Immediatamente dopo, utilizzando il suo geass, Lelouch fa sì che i nobili nella sala del trono lo acclamino come legittimo successore al trono. Lelouch si è impossessato del trono Imperiale, ma la sua posizione come 99º Imperatore è contestata dai nobili britanni in quanto il giovane ha dato inizio all' attuazione di riforme clamorose quali l'annullamento dei titoli nobiliari, il riconoscimento dei diritti dei Numbers (cittadini non britanni di una delle aree conquistate, e sfruttati in quanto sottomessi, come ad esempio gli Eleven) portando alla totale distruzione-ricostruzione dell’Impero. Nel frattempo Schneizel e Cornelia sono spariti dalla circolazione, mentre i Cavalieri Neri provano a capire le intenzioni di Lelouch e la loro prossima mossa. Nel frattempo, all’Accademia Ashford, Milly e Rivalz stanno nascondendo Nina dagli occhi del pubblico poiché la creazione del F.L.E.I.J.A. ha attirato verso di lei l'odio di tutti. La scena si sposta sul giardino del palazzo imperiale, dove Lelouch e Suzaku stanno parlando di quello che ha compiuto Lelouch da quando è diventato Imperatore, e anche di ciò che avverrà in futuro. Lelouch dice al suo cavaliere che ben presto causerà innumerevoli massacri, tanto da oscurare il nome di Euphemia come Principessa Sanguinaria affinché nessuno si ricordi della strage compiuta da lei. Lelouch dice che per Euphie e per Nunnally dovranno conquistare il mondo, per attuare lo "Zero Requiem" (i particolari non vengono svelati). Ma mentre stanno ancora discutendo riguardo alle possibili future mosse di Schneizel, legate probabilmente a misteriosi movimenti all'interno dell'istituto scientifico di Toromo, il palazzo imperiale subisce un improvviso attacco da parte dei Knights of Rounds che sono rimasti fedeli a Charles e non accettano Lelouch come loro Imperatore, tra i quali figurano il Knight of One lord Waldstein Bismark e il Knight of Three lord Gino Weinberg. Suzaku esce a fronteggiarli da solo sul nuovo Lancelot Albion, che dimostra la sua enorme potenza distruggendo due Knights of the Rounds senza permettere loro nemmeno una singola azione e annientando i soldati giunti con loro; a questo punto, Gino tenta di fermare Suzaku, ma il giapponese distrugge quasi immediatamente il suo mezzo affermando <<Se tu sei un britanno, dovresti essere dalla mia parte!>>. A questo punto interviene nel combattimento lord Bismark, rivelando di possedere anche lui un geass, con il quale riesce inizialmente a mettere in difficoltà Suzaku. Ma grazie al nuovo Knightmare e sfruttando a suo favore il Geass di Lelouch, quello di sopravvivere a qualunque costo, Suzaku riesce a sconfiggere Waldestain, distruggendo lui e il suo Knightmare. L'unico nemico sopravvissuto è Gino, che mostra tutto il suo tormento riguardo al fatto di dover scegliere da che parte schierarsi. Con la sconfitta dei Knights of Rounds ribellatisi, Lelouch annuncia al mondo che ormai non ci sono più dubbi sul suo ruolo come Imperatore. Inoltre, Lelouch comunica al mondo che è sua intenzione che l’Impero di Britannia entri a far parte della Federazione delle Nazioni Unite come nuovo stato membro, e propone di svolgere la votazione del Consiglio Supremo in Giappone... nell'istituto Ashford! Ed è così che l'imperatore giunge all'istituto presentandosi accompagnato solo da C.C., Kallen gli si fa davanti per fargli da "guida" nella scuola, e Lelouch, fingendo di non conoscerla, le propone una passeggiata all'interno dell'istituto. La ragazza lo accompagna alla palestra dove si terrà il Consiglio, ringraziandolo per tutto quello che ha fatto per lei e per i Cavalieri Neri; successivamente Karen gli chiede quali siano le sue intenzioni ora e cosa prova per lei, perché l'abbia salvata allontanandola da sé quando i Cavalieri Neri stavano per ucciderla insieme a Zero. Lelouch resta in silenzio, quasi distaccato dalla realtà, e non reagisce neanche quando Kallen all’improvviso lo bacia. Vista questa reazione Kallen gli dà l’addio, e Lelouch, atteso un istante, sussurra <<Addio, Kallen>> per poi seguirla verso il Consiglio.
Il Consiglio
Il Consiglio ha inizio, e l'imperatore fa la sua richiesta di entrare a far parte della federazione; durante la votazione l'ordine dei cavalieri mette in atto delle precauzioni per fronteggiare il Geass di Lelouch, per impedire che egli possa influenzare i membri della votazione piegandoli al suo volere: Lelouch si ritrova rinchiuso tra alte mura e può comunicare con l’esterno solo tramite degli schermi. Kaguya, Xing Ke, Ougi e Toudoh fronteggiano Lelouch e svelano il suo reale intento: sfruttando a suo favore la costituzione della Federazione, Lelouch farebbe sì che la Britannia, lo stato più popoloso al mondo, avrebbe oltre la metà dei voti a suo favore, e in questo modo sarebbe lui a decidere l'esito di ogni votazione e, quindi, avrebbe il controllo del mondo intero. È per questo motivo che i quattro dei Cavalieri neri gli dicono che se vuole realmente che l’Impero entri a fare parte della Federazione dovrà dividere il paese o abbassare il suo conteggio elettorale al 20% della popolazione della sua nazione.
A questo punto, Lelouch rivolge una domanda a Kaguya: cosa sia necessario per governare il mondo. La ragazza risponde <<Onore e orgoglio>>, e l'imperatore, benché affermi che è un'ottima risposta, ribatte che la sua è diversa: <<La volontà di distruggere il mondo e anche se stessi!>>.
È a questo punto che Suzaku irrompe nella sala con il Lancelot Albion, minacciando i membri presenti, mentre ingenti forze britanne iniziano ad avvicinarsi al Giappone. Nel frattempo, Lloyd riesce a catturare Rivalz e Nina che stavano fuggendo, e la cosa viene immediatamente riferita all'imperatore. Tutti i leader del mondo sono stati presi in ostaggio in un colpo solo e Lelouch, sicuro della vittoria, intima a Kaguya di prendere una decisione <<Avanti, giochiamo a questo gioco chiamato democrazia!>>. Improvvisamente, però, giunge una notizia terribile: la capitale imperiale Pendragon è stata completamente rasa al suolo, e sul cratere del raggio di oltre 100 km fluttua una gigantesca fortezza: è il Damocles, la nuova nave di Schneizel, armata con testate F.L.E.I.J.A.
La sfida contro Schneizel
Schneizel quindi contatta Lelouch dicendogli che non lo riconoscerà mai come Imperatore; Lelouch chiede ironicamente se crede di essere lui la persona più adatta a questo ruolo, ma Schneizel risponde che ritiene che il ruolo debba andare... a Nunnally! La quale è sana e salva e lì con lui. Suzaku e Lelouch sono sconvolti dalla sua vista, e quello che è peggio è che la ragazza afferma di essere nemica di entrambi!
Nunnally infatti dice di essersi schierata con Schneizel una volta appresa la verità: ella è convinta che non sia giusto il modo in cui Lelouch ha usato il suo Geass, ed afferma di essere anche venuta a conoscenza del fatto che era lui a celarsi dietro la maschera di Zero.
Sconvolta da tutto ciò, Nunnally chiede a Lelouch se abbia fatto tutto per il suo bene, e il fratello mente spudoratamente, dicendole che ha fatto tutto solo per il suo desiderio di dominare il mondo, e fatto ciò Lelouch chiude il collegamento, in realtà sconvolto da quanto accaduto.
Schneizel si scusa con Nunnally per averle fatto provare un così grande dolore facendola parlare col fratello, dicendo che era convinto che Lelouch si sarebbe arreso una volta visto la potenza del F.L.E.I.J.A. A questo punto la ragazza gli chiede se la gente di Pendragon sia al sicuro, e Schneizel le conferma che avevano evacuato tutti prima della detonazione. Nunnally quindi chiede di poter avere in custodia il congegno di attivazione del F.L.E.I.J.A. per le prossime volte che dovranno usarlo, così sarà lei ad addossarsi il peccato della distruzione. Lelouch intanto è ancora sconvolto dal ritorno di Nunnally, ma Suzaku con modi bruschi lo fa tornare in sé, ricordandogli che ciò non cambia nulla per il loro piano, che non si possono fermare giunti a questo punto, nemmeno adesso che hanno scoperto che Nunnally è ancora viva. C.C. sembra volerlo fermare, ma il giapponese afferma che lui è la sua spada, e che sarà lui a falciare i suoi nemici così come le sue debolezze; e subito dopo, prega la ragazza di diventare lo scudo di Lelouch: <<Proteggerlo è il tuo compito>>. Nel frattempo, Nina è stata portata sull’Avalon, la nave di comando di Lelouch, e la ragazza torna a lavorare assieme a Lloyd e Cecile, con l'obiettivo di creare un'arma in grado di contrastare il F.L.E.I.J.A. Schneizel nel frattempo confida a Cornelia che in realtà gli abitanti di Pendragon non erano stati evacuati e sono morti tutti. Il britanno mostra il suo vero volto esponendo a Cornelia le sue teorie sulla pace e sulla giustizia ottenute tramite il potere e la forza. Dopo aver sconfitto Lelouch, il suo piano è quello di portare la Damocles in orbita sopra la Cina, da dove farà fuoco con le testate F.L.E.I.J.A. contro tutte le nazioni impegnate in un conflitto, costringedole cosi, tramite il terrore di un bombardamento con le F.L.E.I.J.A. a cessare le loro guerre. In questo modo otterrà una pace perpetua. <<Anche se uno o due miliardi di vite dovranno essere sacrificati, la pace eterna sarà...>>. Cornelia lo interrompe, contraria ai suoi metodi violenti e allo sterminio che ha in mente, sfoderando la spada; ma prima ancora che possa compiere una qualunque azione, Schneizel attiva un congegno nascosto e una raffica di mitragliatrice la colpisce alle spalle. Sull’Avalon, Sayoko spiega a Jeremiah come sono andate realmente le cose quando era esploso il F.L.E.I.J.A. sopra Tokyo: da lei apprendiamo che era stata una navetta di salvataggio vuota ad essere stata distrutta dal F.L.E.I.J.A., e che Schneizel aveva preso con sé la sorellina di Lelouch, pronto a farle ritornare in scena al momento più opportuno per mettere in difficoltà il nuovo imperatore. C.C. intanto parla con Lelouch e gli chiede se vuole veramente continuare col suo piano: anche se ha fatto tutto per il bene di Nunnally, ora lei è loro nemica. Ma Lelouch resta convinto di aver fatto la scelta giusta assieme a Suzaku: non può permettere a Schneizel di sottomettere l'intera umanità con la minaccia della distruzione assoluta, e per questo egli è risoluto ad andare avanti fino alla fine. Le varie fazioni si preparano per la battaglia imminente: i Cavalieri Neri decidono di schierarsi al fianco di Schneizel, mentre Nina e Lloyd continuano a lavorare per fermare il F.L.E.I.J.A., e Gino decide di unirsi ai Cavalieri Neri. Arriva il momento decisivo della battaglia. Schneizel è pronto ad adoperare immediatamente il F.L.E.I.J.A., ma Lelouch chiede a Schneizel se sia intenzionato ad usare la sua arma anche sapendo che a bordo dell’Avalon ci sono tutti i rappresentanti dei vari paesi della Federazione delle Nazioni Unite. Schneizel non mostra alcun interesse per gli ostaggi, ma Xing Ke si intromette dicendo che non può sacrificare tutte quelle vite. Schneizel quindi gli dice che se vuole che non usi il F.L.E.I.J.A. allora Xing Ke deve affidare il comando della battaglia a lui, assicurandogli di non aver mai perso contro Lelouch. Xing Ke accetta, ed entra in campo nello Shen-Hu. Lelouch e Schneizel danno il via alla battaglia, usando inizialmente gli eserciti come fossero pedine degli scacchi, schierando e ritirando le loro armate nel tentativo di sopraffare l'avversario in una singola mossa. Quando ha inizio il combattimento vero e proprio, è chiaro che Lelouch è in svantaggio: nonostante la superiorità numerica, egli deve fare affidamento unicamente su Suzaku e su Jeremiah, mentre Schneizel ha dalla sua parte diversi formidabili piloti: Karen, Toudoh, Xing Ke, Anya e Gino. I Cavalieri Neri riescono ad aprire una vasta breccia nello schieramento britanno, tanto che Lelouch si trova costretto ad usare il suo piano di riserva: l'imperatore aziona un congegno che causa l'esplosione della sorgente di Sakuradite all'interno del Monte Fuji, che riversa una pioggia di detriti infuocati sullo schieramenti nemico. Tutte le navi dell'Ordine dei Cavalieri sopra il Monte vengono spazzate via, l’Ikaruga (la nave ammiraglia dell'ordine) crolla a terra in fiamme, i Cavalieri Neri sono stati decimati, ma al tempo stesso le forze terrestri britanne vengono annientate.
Avalon e Damocles
Suzaku si prepara ad attaccare il Damocles ma Schneizel dice a Nunnally che è giunto il momento di lanciare il F.L.E.I.J.A. La ragazza dà il comando, e la testata viene sparata verso l'Avalon, ma i soldati di Lelouch condizionati dal Geass la intercettano, trafiggendola con le lance dei loro knightmare. La testata esplode comunque, poiché essa era già al punto critico quando era stata sparata. Lelouch ordina quindi ai suoi soldati di continuare ad attaccare il Damocles costringendo Schneizel a sparare tutte le testate di F.L.E.I.J.A. a loro disposizione. Sul terreno, Ougi è ancora vivo sul ponte dell’Ikaruga grazie all'intervento di Kallen e Tamaki. Scopriamo quindi che il giapponese sta per diventare padre, in quanto Villetta aspetta un bambino a seguito della loro relazione. Lelouch, utilizzato il piano del monte Fuji, si rende conto di essere in svantaggio rispetto a Schneizel che dispone ancora di molte testate F.L.E.I.J.A., ma egli ha fiducia in Nina e Lloyd. L'episodio termina con Schneizel che dice <<Lelouch, hai già perso. Non c'è vittoria per coloro che non sfruttano le proprie maschere>>. La battaglia tra l’Avalon ed il Damocles continua senza tregua: Lelouch continua a sacrificare soldati e truppe per fermare le testate F.L.E.I.J.A., ma inutilmente: nonostante vengano attaccate, le testate esplodono ugualmente, distruggendo ogni volta intere divisioni dell'armata britanna. Lelouch ordina a Suzaku di attaccare la fortezza, ma tutto ciò si rivela inutile: la fortezza viene avvolta da un gigantesco campo di scudi energetici, tanto che tutti gli attacchi del Knight of Zero si rivelano vani. Nonostante il fatto che quando lo scudo è alzato il Damocles non può sparare il F.L.E.I.J.A., Lelouch capisce che in queste condizioni sono destinati alla sconfitta. Confidando nel dispositivo anti-F.L.E.I.J.A. messo a punto da Nina e dal conte Lloyd, Lelouch ordina a tutte le truppe di riunirsi attorno all’Avalon e da l’ordine di attaccare il Damocles con l’Avalon stessa. Intanto Schneizel si prepara a dare il colpo di grazia all'armata britanna, pronto a distruggere l'Avalon incurante dei membri della Federazione delle Nazioni Unite tenuti in ostaggio, affermando di fronte a Xing Ke che ormai le forze dei Cavalieri Neri sono state decimate, e che il F.L.E.I.J.A. è l'unica opzione rimasta. Xing Ke riesce ad ottenere da Schneizel 10 minuti per attuare un piano: Xing Ke, Toudou e Kallen attaccano l’Avalon dal retro, con lo scopo di salvare gli ostaggi. Suzaku accorre a proteggere la nave, e sconfigge Toudou, ma non riesce a fermare Xing Ke, che nel frattempo riesce a colpire l’Avalon, distruggendone i motori, salendo a bordo. Lelouch quindi si appresta ad abbandonare la nave, lasciando detto a Lloyd, Cecile e Sayoko di procedere con la missione come stabilito. Dirigendosi verso l'hangar, Lelouch ha occasione di parlare con Nina. Nina gli dice di averlo aiutato perché il suo desiderio era anche il desiderio di Euphemia, e che anche se non perdonerà mai Zero lei lo ha fatto per riuscire a trovare la propria risposta. I due quindi si separano. Nell'hangar, Lelouch incontra C.C., che sta per uscire con il suo knightmare (il Lancelot Conquista che apparteneva a Suzaku), e le chiede di scortarlo fuori. C.C. gli chiede se non serba rancore verso di lei, visto che a causa sua il suo destino ha preso un percorso inaspettato. Ma Lelouch la ringrazia e le dice che se è giunto dove è ora è solo grazie a lei. I due vengono interrotti da Kallen (in lacrime) che sfonda la parete col suo Guren. <<Addio, Lelouch>> Kallen lo attacca ma viene contrastata da C.C. che dà a Lelouch il tempo di salire sullo Shinkirou e di scappare; il Lancelot viene quindi abbattuto dal Guren, mentre Kallen commenta <<Come se mi importasse qualcosa batterti, C.C...>>. A bordo del suo Knightmare Lelouch si dirige direttamente verso il Damocles, e Schneizel decide di risolvere il conflitto una volta per tutte dando l’ordine di aprire un varco nello scudo per poter sparare il F.L.E.I.J.A. Nunnally preme il pulsante di lancio, e l’arma parte diretta verso il suo bersaglio; Lelouch e Suzaku lavorano insieme per far funzionare l’invenzione di Nina e Lloyd creata apposta per contrastare il F.L.E.I.J.A. L'imperatore inserisce i dati sulla composizione chimica della testata, mentre Suzaku lancia il dispositivo nell'esplosione appena formatasi, il tutto in 19 secondi e 4 decimi. Il F.L.E.I.J.A implode su sé stesso, l’attacco di Lelouch e Suzaku ha funzionato e l’Avalon e tutti gli altri sono salvi. Lelouch approfitta dello stupore generale, usando lo scudo dello Shinkirou per tenere aperto il varco nello scudo della Damocles, permettendo a Suzaku e ad altri Knightmare di entrare nella fortezza volante. L'attacco contro la Damocles ha inizio, e i Knightmare infliggono pesanti danni alla fortezza. L'intera struttura viene scossa dalle esplosioni, e Nunnally cade a terra, lasciandosi sfuggire dalle mani il pulsante di lancio delle testate. Nel frattempo, all'esterno la battaglia continua senza sosta, e Jeremiah decide di affrontare il Knight of Six lord Anya Easterling.
La fine della battaglia
Schneizel si vede costretto a mettere in atto il suo piano finale: scappare per poi far esplodere il Damocles con tutte le testate F.L.E.I.J.A. rimaste mentre Lelouch è ancora a bordo. <<Il Damocles e il F.L.E.I.J.A. sono soltanto delle macchine. Possiamo sempre ricostruirle>>. Egli è pronto anche a sacrificare Nunnally lasciandola a bordo <<La pace del mondo o una vita... È triste, ma le due cose non sono comparabili>>, la quale intanto cerca disperatamente di ritrovare il dispositivo di lancio cadutole a terra. Schneizel sale a bordo della navetta per fuggire, ma appena salito a bordo uno dei monitor si illumina, e Lelouch appare sullo schermo. Schneizel capisce di ritrovarsi intrappolato dalle guardie sotto l’effetto del Geass. Lelouch gli spiega come ha fatto a prevedere la sua mossa: l'imperatore gli dice che lui è limitato perché guarda solo al presente, e Schneizel gli risponde che è uno stolto perché l’ambizione umana porterà sempre alla guerra. Ma Lelouch afferma che gli uomini cercano solo la felicità, cosa che non potranno ottenere sotto un regno dominato dal terrore del F.L.E.I.J.A. Schneizel ride sentendo questo discorso e gli dice di sbrigarsi ad ucciderlo, ma all'improvviso Lelouch gli appare alle spalle <<Ti offrirò un dono... quello di servire me, Zero>>, e uno stupefatto Schneizel cade sotto l'influenza del suo Geass. Kanon e Diethard si rendono conto che quella sullo schermo era solo una registrazione fatta per distrarli, per permettere a Lelouch e ad alcune guardie "geassate" di giungere indisturbate all'interno della navetta. Diethard riesce a liberarsi, minacciando Lelouch con una pistola <<Zero, la tua storia è ormai conclusa! Non posso assolutamente lasciarti in vita!>>. Ma prima che egli possa sparargli, Schneizel lo uccide, difendendo il suo nuovo signore. Lelouch quindi ordina a Schneizel di disinnescare il codice di autodistruzione della Damocles. Schneizel ovviamente gli obbedisce, ma gli dice che il comando del F.L.E.I.J.A. è in mano a Nunnally. Nel frattempo Suzaku riesce a sconfiggere Gino, ma questi disabilita parte della scudo permettendo a Kallen di entrare all'interno della fortezza <<Suzaku, sembra sia arrivato il momento di chiudere i conti definitivamente!>>. Lelouch intanto giunge nel luogo dove si trova Nunnally. Ella è nuovamente seduta sulla sua sedia a rotelle, ed ha in mano il dispositivo del F.L.E.I.J.A. La ragazza gli dice che non può lasciare che la chiave del F.L.E.I.J.A. finisca in mano sua, e per questo non può più distogliere lo sguardo. Mentre lo dice apre gli occhi. Lelouch è sconvolto, la sorella è riuscita a liberarsi dell’effetto del Geass imposto dal padre solo con la sua volontà. <<Fratello mio... Hai intenzione di usare il Geass... Anche su di me?>> La ragazza gli dice che non gli consegnerà mai la chiave del Damocles, anche se il fratello dovesse usare il Geass su di lei. Lelouch quindi è indeciso se usare o meno il suo potere sulla sorella, rendendosi conto che in tal modo andrebbe contro tutto ciò che aveva fatto fino a quel momento, ovvero cercare di renderla felice. All’esterno del Damocles la battaglia tra Suzaku e Kallen prosegue senza esclusione di colpi, così come lo scontro tra Jeremiah ed Anya. Tutte le persone coinvolte nella guerra riflettono sul perché stanno combattendo, esponendo i propri ideali e le proprie motivazioni all'avversario: tutti lottano, chi per raggiungere uno scopo, chi per proteggere qualcosa o qualcuno, chi per trovare il proprio posto nel mondo. Nunnally nel mentre sta discutendo con Lelouch, dicendogli che il Geass è vile perché piega la volontà delle persone, distruggendo il loro orgoglio. Lelouch le rinfaccia il fatto che il Damocles è la stessa cosa, in quanto tiene le persone in suo potere con il terrore del F.L.E.I.J.A., ma Nunnally risponde che farà sì che il Damocles diventi il simbolo dell’odio, in modo che tutto il rancore si riversi su di esso così che la gente possa avanzare verso il futuro. Dopo queste parole Lelouch decide di usare il Geass sulla sorella ordinandole di consegnargli la chiave del Damocles. La ragazza tenta di resistere, ma dopo pochi istanti il Geass la costringe ad obbedire. All’esterno Anya riesce a distruggere il Knightmare di Jeremiah, ma all'ultimo istante l'uomo riesce a infliggere un ultimo colpo che gli regala la vittoria; Suzaku e Kallen continuano a combattere, nonostante i due Knightmare abbiano quasi terminato l'energia e siano costretti ad affrontarsi in una lotta corpo a corpo. I due sono allo stesso livello di bravura e forza (Kallen ha dalla sua un Knightmare più potente, ma Suzaku sfrutta a suo favore il Geass impostogli), ma con un colpo finale entrambi i mezzi vengono resi inutilizzabili: il Guren cade dalla fortezza privo della testa e di entrambe le braccia (Kallen viene salvata da Gino che recupera al volo i rottami del mezzo), mentre il Lancelot, colpito in pieno petto, esplode <<Hai vinto tu, Kallen...>> Lelouch intanto prende la chiave da Nunnally, e mentre la ragazza è ancora sotto l’effetto del Geass le chiede scusa e le dice che le vuole bene. Nunnally si risveglia dall'ipnosi, scoprendo che suo fratello (tornato ad assumere un atteggiamento malvagio e sprezzante) le ha preso il dispositivo, prova a riprendersi la chiave, inutilmente. Nel frattempo, C.C. (uscita dall'abitacolo del Lancelot che era finito in mare) viene tratta in salvo da Kaguya ma mentre le due parlano viene lanciato l’ennesimo F.L.E.I.J.A, e stavolta la tesata esplode in direzione delle forze dell'ordine dei Cavalieri Neri: Lelouch annuncia al mondo che ormai i Cavalieri Neri non hanno più la forza necessaria a contrastarlo, e che lui è pronto a mostrare nuovamente la potenza del F.L.E.I.J.A. se troverà altri ostacoli sulla sua strada; la Britannia ha vinto, e Lelouch è il padrone incontrastato del mondo intero!
La fine di Lelouch
Due mesi dopo, in Giappone... l’imperatore Lelouch si mostra in pubblico durante una parata, diretto verso il luogo dell'esecuzione pubblica per far giustiziare i suoi nemici (tra cui Kallen, Ougi, Toudou, Xing Ke, Tianzi, Kaguya, Schneizel, e Nunnally). All'improvviso però, nel bel mezzo della strada appare... Zero!
Tutti sono sconvolti, i Cavalieri Neri non capiscono cosa stia succedendo, poiché Lelouch è proprio lì di fronte a loro. Zero comincia a correre verso l’Imperatore, schivando tutti gli attacchi delle guardie. Lelouch prova a difendersi estraendo una pistola, ma Zero lo disarma facilmente con un fulmineo colpo di spada. Ma un istante prima che Zero lo trafigga, Lelouch sorride.
In un flashback vediamo Lelouch e Suzaku che discutono tra loro riguardo al loro piano, lo Zero Requiem. L'imperatore gli dice che d’ora in avanti sarà lui a vestire i panni di Zero e che come promesso, sarà il giapponese la persona che ucciderà Lelouch, colui che ha attirato su di sé l'odio del mondo intero: tutto ciò che Suzaku deve fare per portare la pace è cancellare la sua esistenza.
Zero (Suzaku) piangendo trafigge Lelouch, il quale ha ancora la forza per dire le ultime parole all’amico <<Inoltre questa è la tua punizione... sarai costretto a sacrificare la tua felicità per il mondo, per sempre...>> <<Un simile Geass... lo accetterò volentieri!>>; poi Lelouch cade morente di fronte alla sorella. Nunnally gli tocca la mano e (per qualche strana ragione) riesce a vedere in un attimo tutto il piano architettato da Lelouch e Suzaku, e resasi conto che suo fratello non era la persona malvagia che fingeva di essere, piange disperatamente sul suo corpo.
Nell’istante in cui Lelouch muore, Cornelia, Viletta ed i "ribelli" rimasti liberi attaccano la parata e liberano i Cavalieri Neri. Zero viene acclamato come eroe mentre anche Kallen piange, perché ha finalmente capito le vere intenzioni di Lelouch.
Il mondo è ormai cambiato, Kallen è tornata a condurre una vita da normale liceale, i governi sono democratici, Nunnally è la nuova imperatrice di Britannia con Suzaku nei panni di Zero al suo fianco, Ougi (ora primo ministro del giappone) e Viletta si sono sposati e presto avranno un bambino, Jeremiah ed Anya vivono in campagna coltivando arance, ed il Damocles è stato distrutto. La scena si sposta in campagna, dove un carretto avanza su un viale (il carrettiere porta un cappello che impedisce di farci vedere la sua faccia, e quando la visuale si avvicina il suo viso è tagliato fuori dalla scena). Sopra al carro vi è C.C. che, rivolgendosi a Lelouch, riflette che in fondo il Geass non porta solo la solitudine.